当鞑子撤出昌平城后不久，朱慈烺便下令让特种大队拿下了东门。由于巢丕昌的大部人马都分散到南门和北门去防御和在城中与勇卫营厮杀，防守东门的叛军人数并不是很多。特种大队没有花太大的代价便攻占了东门。
当东门落入明军手中后，在总兵府的巢丕昌整个人就像是掉进了冰窟窿一样，全身冰寒无比。
“完了，全完了！”巢丕昌满脸颓然，内心一片哀意。
这时，他的副将冲进总兵府道：“军门，东门已经被敌军拿下了。我们快想办法逃吧！”
“晚了，一切都晚了！现在我们还能往何处逃？昌平城已经被敌军团团围住，俩处城门被破，城中的敌军已经渐渐逼近总兵府衙门，我们逃不了了！”
“军门，我们还有几千兄弟，让末将带着这几千兄弟一起护您冲出去！”副将急切道。
就在这个时候，一个雪上加霜的消息又传了来。
“禀报军门，南门失守，镇守南门的士卒死伤过半。不少人投降了敌军！”
顿时，巢丕昌瘫坐在地。一行清泪，止不住地往下掉。
“我巢丕昌糊涂啊！”南门的守军之所以在这个时候被拿下，最大的功劳在于太子朱慈烺。朱慈烺带着锦衣卫和东厂的人，还有不少勇卫营将士，一起到南门对把守在南门的叛军将士开展劝降工作。
一开始，劝降工作进展的很不顺利，朱慈烺差点就被叛军的一名千总给射中了。这一幕，可把护卫在他身边的厂卫和勇卫营将士吓坏了。
下一秒，那位执迷不悟的千总，叛军武官，被一炮给轰碎了。对，就是一炮轰碎的。勇卫营虽然不是神机营，但作为京营当中目前最精锐的一营，火器一直都有配置。
一炮把千总轰碎后，朱慈烺再继续开展劝降工作，这下，没了主将的叛军将士，没有做太多的犹豫，直接选择了放下兵器，乖乖投降。
南门就这样，在朱慈烺的英明神武下，没用多长时间便拿下了。而北门的叛军就惨了，来攻打此处城门的人是特种大队的人。特种大队这次算是成立后的首战，自然每人都想斩获军功。尤其是在黄得功的侦察队立下首功后，汪万年等人早就迫不及待地想在太子殿下面前展示展示他们的风采了。
火器队的领队就是原神机营副将汪万年。火器队的人虽然不多，但朱慈烺给他们配备了足足有六门佛郎机大炮，人手一支火铳。一到北门，汪万年便立即下令让火器队的人摆好大炮，对准了南门的城门楼子，二话不说，直接来了一发急速射。
南门城楼上的叛军当场就被轰蒙了，一时间，特种大队的其余分队也开始发威。弓弩队，摆好阵型，用弓弩不断地压制城楼上的叛军。长枪队和大刀队在杨守业和张世泽的率领下，宛如猛虎一般，冲上城楼，开始了惨无人道的杀戮。
当然，几名将领还是没有忘了事前太子殿下的吩咐，若是有人选择投降的，便可以不取其性命。但这件事直到他们将城楼上的人杀得还剩不到数十人后才想起，所以，最后被迫投降的叛军，除了缺胳膊少腿的，只有六七十人还比较健全，呼吸也正常。