崇祯六年四月，皇太极领诸贝勒百官出沈阳城十里迎接孔有德耿仲明，以女真人最为隆重的“抱见礼”相待。
五月，山西巡抚许鼎臣上疏奏明山西连年且流寇肆虐民不聊生，奏请减免山西赋税三年，正直朝廷刚查明各省欠缴盐课三百二十万两，绸缎数十万匹，勒令各有司限期补缴，朝臣闹哄哄争吵一番后，正为钱粮发愁的朱由检拒绝减免山西赋税。
当月，被皇太极赶到青海的林丹汗缺衣断粮，领五万蒙古骑兵于清水、横城一带入寇宁夏，明廷宁夏诸参将守备纷纷溃逃，林丹汗大军一路大肆劫掠，直逼灵州，贺虎臣领一千余骑驰援灵州，并四处出击，阻击小股蒙古骑兵，不幸被林丹汗主力包围，贺虎臣战死，其子贺赞领五十骑突围而出。
战报传到京师，朱由检又惊又怒，遂追封贺虎臣都督佥事，并将延绥巡抚耿好仁逮拿治罪。
五月下旬，援交总兵邓玘领两千川军与济源善阳山一带射杀紫金梁王自用，流寇遂推闯王高迎祥为义军首领。
六月，流寇兵分数路，一路于山西潞安府攻破平顺县，杀知县徐明扬，曹文诏率三千兵马疾驰平顺，大败流寇，并一路从太行山追出河南北部，于阳城、偏店一带杀得流寇连连败退。
另一路流寇于河南北部先攻破河顺镇，再破林县，又往南寇略辉县一带，进逼卫辉城，城内潞王告急，一日连发十数道急报四出求援。
因邓玘的川军离开四川已有数年之久，先是崇祯二年入京勤王，又于崇祯五年入登莱平乱，征战千里，早已思乡心切，登州孔有德之乱后，邓玘上疏奏请返还四川，朝廷不允，又命他入河北剿匪，虽在济源射杀王自用，但川军早已毫无战意，怨言不断。
当月，闯王高迎祥、八大王张秉忠和闯塌天刘国能合兵攻打磁州，邓玘领川军驰援磁州，高迎祥、张秉忠等却突然掉头攻打兵力较为薄弱的河南毛葫芦兵，邓玘又掉头驰援毛葫芦兵，结果于林县一带中伏，川军大败，参将杨遇春战死，川军死伤一千余。
张秉忠持杨遇春印信前往毛葫芦兵营寨调遣援兵，毛葫芦兵信以为真，出兵驰援，途中又中埋伏，主将邓守贤阵亡。
邓玘领残兵退守汤阴县，被高迎祥张秉忠等围困，幸得左良玉援救。
幸免于难的邓玘与左良玉合兵一处，杀得流寇连连大败，高迎祥张秉忠等人被撵得慌不择路，一头撞上昌平副总兵汤九州率领的昌平兵，又被杀得溃不成军。
邓、左、汤等人一路追击，迎面碰上正四处乱窜的混天王，并将混天王斩于乱军之中，又继续追杀流寇主力，直至高迎祥张秉忠等残兵败将逃入太行山。
晋陕豫剿匪风起云涌之际，京师朝堂也同样暗流涌动。
温体仁和周延儒从崇祯四年就开始相互指使言官弹劾对方，诸如结党营私、排除异己、收受贿赂、家中子弟横行乡里等等。
其实，这些事两人都干得不少，只不过温体仁更狡猾，也更奸诈，先一步拉拢了诸多宦官，从崇祯六年初宣府监军王坤弹劾周延儒，引发朝野震动后，便逐渐占了上风。
紧接着，温体仁一党又发起更猛烈攻势，户科都给事中陈赞化、李世祺、户科给事中朱文焕等再次弹劾周延儒收受贿赂，结党营私等。
六月，周延儒见招架不住，便托病请辞。
朱由检也厌烦了两人在朝堂争来争去，大笔一挥赐下金银彩缎，派兵护送他回乡。
温体仁终于如愿当上了首辅，执掌朝堂。
但他没过上几天好日子，没多久东林党、周延儒余党等又开始纷纷弹劾他。
七月，明军主力正在追击围布流寇主力时，残余流寇趁机化整为零钻出缝隙，跋山涉水，在太行山里漫山遍野四处乱窜。
没多久便在山西辽州一带重新汇合成上万大军，朝辽州以北的乐平县进发。