身受玄冥神掌之毒的张无忌不能练习武功，靠张三丰每日用真气抑制毒性才得以活下来。以宋青书为首的武当弟子经常欺负张无忌，而张无忌一直隐忍不发。
周芷若来到武当山，配合宋青书构陷张无忌，张无忌和小昭一同被逼掉下悬崖，然后遇到了火工头陀，治好了体内的寒毒并学会了九层九阳神功。
张无忌功成出山，恰逢六大派围攻光明顶，在小昭的帮助下，张无忌练成了明教镇教神功《乾坤大挪移》，横空出世，击退六大派，成为了明教新任教主。
此时赵敏也开始肆虐江湖，捉了六大派不少人，并且暗算了明教一行，在张无忌找赵敏要解药的时候，赵敏故意透露给了灭绝师太消息，峨眉弟子包围了明教教众，准备将明教一网打尽。
剧情到这里发生了改变。
原版《倚天屠龙记之魔教教主》中，此时是小昭挺身而出，受了灭绝三掌，为明教众人争取了时间，等到了张无忌回援。
但岳关改编后的剧本，把功劳给了周芷若。
在灭绝准备对明教一行人痛下杀手的时候，周芷若点中了灭绝的穴道，当场反水，带领峨眉弟子站在了明教这边。
她早已经暗中架空了灭绝，掌控了峨眉。
灭绝惊怒交加，质问周芷若，然后周芷若开始回忆自己和张无忌的过往：
原来周芷若和张无忌幼年便已经相识，早已经暗生情愫。去到武当后，两人久别重逢，张无忌主动拜托周芷若配合宋青书针对自己，因为他之前从张三丰那里得知山崖下有火工头陀的存在，而火工头陀修炼的《九阳神功》是唯一可以解他玄冥神掌之毒的功法。
周芷若劝张无忌不要冒险，但张无忌身负血海深仇，又常年被以宋青书为首的武当弟子欺负，早就已经受够了这种日子。他决定赌一把，不成功便成仁。
张无忌坚持，周芷若便配合张无忌演了一出戏，从此张无忌潜龙出渊。
之前在光明顶上，她在众目睽睽之下故意击伤张无忌，也是两人的默契。张无忌横空出世，打败六大派高手后，声望已经达到了顶峰。而她若是能伤到张无忌，在正道武林的地位也肯定会水涨船高。
张无忌在明教，周芷若在正道，一正一邪，双方联手，便可制霸整个武林。
现在明教有难，她自然要挺身而出。
《倚天屠龙记》前三分之一的剧情，是小昭的主场，一直陪在张无忌身边，帮助他从一个手无缚鸡之力的少年成长为武功盖世的明教教主。
中期是周芷若的秀场，反水和回忆的剧情一出，周芷若当场洗白，而且瞬间赢得明教全体上下的认同，成为明教上下默认的教主夫人。
而后期是赵敏的秀场，纵横江湖，运筹帷幄，将六大派大半精锐都捉去大都，尽显女诸葛的风采。
但是最终的谢幕，属于张无忌，属于明教。
赵敏将六大派的人捉去了大都，明教和六大派本有血海深仇，但为反元大义，张无忌和明教全体上下依旧决定不惜一切代价相救六大派。
单凭明教一教之力，难以撼动元朝近百年基业。欲图大业，必然要联合天下英雄豪杰，群策群力，大功方成。
张无忌至此从一个一心复仇的少年变成了一个胸怀天下的霸主。
《倚天屠龙记之魔教教主》的结尾，不再是赵敏的那一句“我在大都等你”，而是变成张无忌与明教诸人歃血为盟，焚香为誓，决死不负大义。
在“怜我世人，忧患实多！怜我世人，忧患实多”的歌声中，明教群豪白衣如雪，一个个走到张无忌面前，躬身行礼，昂首而出，再不回顾。
如许大好男儿，此后一二十年之中，行将鲜血洒遍中原大地。
易水萧萧西风冷，满座衣冠似雪。正壮士、悲歌未彻。
明教至此，极显豪情，方不愧“去恶行善忧国忧民”。
而魔教教主至此，也完成了格局的升华，从魔教教主，走向天下至尊。
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