第二方面，两河利用洪泽湖及周边连串湖泊作为枢纽，轮流使用“束水攻沙”治理黄河的方略，将使黄河淤积危害的问题得到有效控制。
第三方面，两河齐出，洪泽湖蓄水压力减小，也保了明祖陵——当然，要想一劳永逸，朱翊钧打算，将来在时机成熟后还是要将祖陵迁走。
最后，这一核心工程加上配套的相关水利设施，将改变常年受灾的黄淮地区浊浪滔天，泥沙俱下的景象，把整个淮河流域、黄河流域都变成鱼米之乡！虽不能一劳永逸，但至少将黄、淮河连年决口并影响长江下游的问题解决一大半——除了工程量大，没别的毛病。
朱翊钧判断，这份方案虽然所动用的人力物力极其惊人，但是在此时确实有实现的可能：
新中国治理淮河时，淮河周边已经大小城市密布，根本迁移不得，因此采用了上游建坝，下游分流的方法，主流还是注入长江。
但在本时空的此际，一者由于黄淮河的常年泛滥，黄淮平原一直到苏北地区一直没有形成大规模的聚居城镇，大部分地区都是沼泽和田地，移民压力不是很恐怖，在承受范围之内；
二者朝廷现在有一大笔钱，可以启动这项工程；
三者大规模开发东北将形成一个人口压力降低的短暂窗口期，等东北开发成熟了，人口压力还会上行增大，那时候移民将更加困难。
因此，朱翊钧在通盘考虑了潘季驯的第三方案后，觉得这次黄故道的修复，很可能是改变中华民族常年水患的一次千载难逢的机会！
再说，张居正不敢想的事情，朱翊钧作为穿越者，还不敢想一想？
万历二年年底，潘季驯结束了全国各流域的考察，到京师述职。在朱翊钧主导下，秉承着边施工边完善方案的原则，在万历三年先进行准备工程。
因此，这第三方案一直秘而不宣，万历三年全国干的的热火朝天的，其实是第二、第三方案都要干的初期工程和农田水利基础工程。
直到河漕改海时潘季驯被攻击时，朝廷才公布出来一部分，主要是加高、加宽高家堰工程——尚不足第三方案总工程量的十分之一。
即便如此，也把集火潘季驯的反海运派压制到无语。
本时空的万历三年年底，随着河漕改海在朝野上下达成共识，加上黄河在今年的再次大泛滥，终于让本时空的朝廷痛定思痛。朱翊钧先说服内阁，后又推动朝廷通过了第三方案，拟第一期即投入一千二百万两白银，并陆续追加到总金额三千万两，以二十年为期，完成全部以新黄河入海通道为核心的全流域治水工程！