政务院设正副两长官，即左辅与右弼，相当于左丞相、右丞相。永昌年间设的上相和天佑殿大学士两职不再复设，如此一来，政务院便以左辅、右弼为贵。
左辅右弼之下又设六学士，每学士各领一政府，相当于分管各政府的意思，遇有大事，则六学士会商之后呈报左辅右弼，以达成陆四要求的“集体决策”的效果，而非一人独断，这样能够避免国策掌握在一人手中，从而对国家产生危害。
总体上，政务院同前明内阁极为相似，区分在于首辅为左辅、次辅为右弼，并且六学士于国策上的发言权和建议权得到极大增强。
但是为了避免出现前明时期的党争造成国策迟迟不定，陆四又规定一旦政务院就某事不能达成一致，则必须交由圣裁。
六学士虽分管六政府，但本身却不能直接干涉六部事务，避免六学士因为分管某政府造成权力过大，同时六学士分管各政府须定期交换，从而保证该学士不会架空分管政府。
政务院、枢密院之外又有同级监察机构，仍叫都察院。永昌年间改御史为直指使，陆四嫌直指使不好听，仍叫御史。
都察院由皇帝直管，不受政务院、枢密院管辖，对二院又有监察弹劾权力，相比前明都察院权力更大。
除此外，翰林院改为弘文院，六科给事中为内参，其余如通政司、詹事府。太常寺、鸿胪司皆保留。
地方上，永昌时定节度使、通会、防御使、府尹、州牧、县令六级制，此外辅官有府同、理刑、州判、县佐等官。
顾君恩意保留永昌定制，陆四对此却有保留意见，认为可仍沿明制，各省设巡抚、布政、知府、知州、知县等官，取消节度使一设。但于基层增设乡官、村官，定不入流，但领国家正俸，以加强大顺对基层统治。
陆四的态度是官职叫什么不重要，不能因为大顺推翻了明朝就要将前明的一切制度都予以推翻，关键是要吸取前明的弊政教训，使政令上通下达，提高效率，不使百姓再正赋之外又有苛捐杂税之苦。
具体，陆四让顾君恩参照淮军当初在淮扬建村设乡成果加以调整。
顾君恩昨天晚上可没怎么睡，他在皇城原前明内阁值房熬了一宵，除了按闯王意思督办各项事务外，也在完善他的大顺建国纲领。
不过，这次大清早过来见闯王，不是汇报建国纲领之事，而是来报喜的。
喜事有三。
第一，满洲天津总督骆养性闻清廷出关，已于天津城中易帜归顺。
第二，满洲遵化巡抚宋权使人往北京上降表，愿率全城军民归顺，前提是大顺不得追究从前之事。
第三，满洲山西巡抚吴惟华于日前正式奉表归顺，现大顺延安总兵李元胤已率部接防太原。
此三事，陆四分别批示。
第一，着骆养性为天津巡抚，配合第八镇接管天津。
第二，回书遵化方面，大小官吏俱自缚来京待审。若不自缚来京，则命大军予以剿灭，城破，玉石俱焚。
第三，命吴惟华为大顺山西巡抚，配合延安总兵李元胤接管、招抚地方，以求晋省早日安定。
“骆养性这个人，两面三刀，不可重用，过些日子调他到弘文院任学士。宋权助纣为虐，今满洲大势不在方来归顺，却要我大顺不计前嫌，此等降官忠心不足，我凭甚重用于他？叫他来京，来之，定其诸罪，降两级留用。不来，着命第一军前往剿灭。”
说到这，陆四稍作停顿，“吴惟华这个人也是小人，但有本事，左辅可以我的名义直接修书于他，山西全境安定之日，他便是大功臣，仍可为督抚大员。否则，亦降一级听用。”
言下之意是让吴惟华继续发挥他劝降招抚的本事，替大顺把太原以外“摆平”，摆不平，这家伙就别当山西巡抚，改一个地方当知府去。
交待完这些事后，陆四又问顾君恩何人可为顺天府尹，顾君恩答说降官方大猷可用。
陆四点了点头，命召方大猷前来，尔后自宫门出先去了内城。
内城原先就是达官贵人据所较多，后来满洲入关将内城汉人全部迁出，设为满城，如今却是人去屋空，安静空荡的很。