这场激烈的水上战斗进行了差不多一个时辰之后，宋军显露出了颓势。
宋军水兵或许在技术上略胜一筹，但是在体力上弱于明军水兵。
明军士兵一天三顿饭，顿顿都能吃饱饭，所以身强力壮，气力十足，打起仗来持久度也比较高。
而比起明军来，宋军的体力就没有那么充足，在激烈的搏杀之中渐渐落于下风。
正午时分，明军通过接舷战、跳帮战已经成功夺取了二十多艘宋军战船，又击沉了宋军二十多艘战船，并且利用这些宋军战船对其余的宋军战船展开了冲锋，击溃了宋军第二次的进攻。
宋军损失惨重，而明军的损失还不到宋军的三分之一。
然后，明军的反攻开始了。
明军以大量战船压上，先用大火箭攻击，稍微近点又用雷神炮、石块、弩箭、火油发起攻击，宋军尽快进行了激烈的对抗，同样使用震天雷、石块和火油反击明军。
尽管如此，宋军在战船数量上和攻击频率上的落后使得他们渐渐处于下风，不能和明军高频率高烈度的攻击相抗衡，以至于战船受损严重，且为明军犀利火器所震慑，开始溃退。
一开始，这只是几只战船溃逃，并没有影响其他战船的奋勇抗击，其他战船依然在奋勇抵抗，没有放弃。
但是很快，瓜洲水师主将吴超看着自己只剩下不到五十艘战船，而明军水师越战越勇，大量战船包围过来，俨然一副要把他全军给一口气吃掉的架势，非常惊恐。
惊恐之下，吴超很快失去了战斗意志，不能再坚持刘錡【不惜一切代价死保瓜洲渡】的命令。
他看了看江北岸的黑烟，想了想抱着一身病依然坚持战斗的刘錡，心中一阵羞惭。
而就在他做心理斗争的时候，一支明军战舰发射的大火箭击中了旗舰的右舷，轰隆一声巨响，他被震倒在地，慌忙爬起来之后，他心中的挣扎已经不存在了，什么刘錡，什么往日的恩情，在生命危险的威胁之下已经被他全部忽略掉了。
吴超最终做了逃将，下令旗舰立刻向南岸港口处转移、逃跑，不再坚持作战，然后下令水师撤退。
旗舰带头逃跑，瓜洲水师其余战舰看到了，也不打了，赶快跟着一起逃跑，原本咬牙坚持的战舰也失去了战斗意志，只想着逃跑。
因为吴超只顾着自己尽快逃跑，下达了撤退命令之后却没有指挥有序撤退，以至于整个宋军水师变的混乱起来。
宋军水师为了撤退而变得混乱，可明军水师依然保持着进攻姿态，于是宋军战船不能应对明军船只的配合，被纷纷击沉、夺取。
周满城很快确定南宋水师正在仓皇逃跑，他大喜过望，意识到这一战他获胜了，瓜洲渡即将被明军彻底控制，他立刻下令，率领全军挥军压上，战船全部出击，进入总攻状态。
瓜洲水师残余的船只不能抗衡，撤退很快变成了溃逃，而明军水师一直追击，一直追到了瓜洲渡江南港口处，将瓜洲水师基本上全部歼灭了。
瓜洲水师剩余的战船不是被明军炸毁就是被明军撞沉、拍碎，还有一些船只被包围之后主动投降了，免于被击沉。
吴超放弃战斗之后逃跑的速度超快，仓皇丢弃旗舰南下逃跑，很多水军也试图一起跟着跑，但是纷纷在港口处被明军火器击杀。
周满城随后派兵抢滩登陆，一边喊着【大明胜利了】【刘錡已败】等等震慑人心的口号，一边击溃了南宋的港口守军。
两炷香的时间之后，周满城麾下水兵就成功夺取了江南港口，成功控制了瓜洲渡南北航线，完成了明军南下的第一阶段目标。
周满城控制港口之后立刻派人回到江北通知周至，向周至请求援兵，以便完成登陆，更进一步向镇江府发起进攻。