这是曹操人生崭露头角的开始。
中平元年，黄巾爆发，曹操被拜为骑都尉，受命与皇甫嵩等人合军进攻颍川的黄巾军，结果大破黄巾军，斩首数万级，随之迁为济南相。
济南相任内，曹操治事如初。济南国有县十余个，各县长吏多依附贵势，贪赃枉法，无所顾忌。
曹操之前历任国相皆置之不问，曹操到职，大力整饬，一下奏免十分之八的长吏，济南震动，贪官污吏纷纷逃窜。
朝廷封曹操为议郎，曹操不肯迎合权贵，遂托病回归乡里，春夏读书，秋冬弋猎，暂时隐居了。
这再次让曹操的名望大涨。
中平六年，凉州刺史董卓进入洛阳，废少帝，立献帝刘协，后又杀何太后及少帝，自称太师，专擅朝政。
曹操见董卓倒行逆施，不愿与其合作，遂改易姓名逃出京师洛阳，曹操到陈留后，“散家财，合义兵”，且首倡义兵号召天下英雄讨伐董卓。
初平元年正月，袁术等人共推渤海太守袁绍为盟主，曹操任代理奋武军，参加讨董军。
二月，被联军击败的董卓胁迫献帝迁都长安，自己则焚毁宫室，挖开王陵，劫掠人民，致使洛阳方圆两百里荒芜凋敝无复人烟。
而关东联军惧怕董卓精锐的凉州军的战力，无人敢向关西推进，全都屯兵酸枣一带。
唯有曹操一人认为董卓“焚烧宫室，劫迁天子，海内震动”，应趁机与之决战，遂独自引军西进。
曹操行至荥阳汴水，与董卓大将徐荣交锋，因为士兵数量悬殊，曹操大败，士卒死伤大半，自己也被流矢所伤，幸得堂弟曹洪所救，幸免于难。
回至酸枣，曹操建议诸军各据要地，再分兵西入武关，围困董卓，只是关东诸侯不肯从。
关东诸军名为讨董卓，实际各自心怀鬼胎，意在伺机发展自己势力。不久，诸军之间发生摩擦，相互火拼。联合军至此解散。
初平二年，曹操在东郡大败于毒、白绕、眭固、於扶罗等，袁绍表其为东郡太守。
初平三年，青州黄巾军大获发展，连破兖州郡县，阵斩兖州刺史刘岱。
济北相鲍信等人迎曹操出任兖州牧。曹操和鲍信合军进攻黄巾，鲍信战死，曹操“设奇伏，昼夜会战”，终于黄巾击败。
当年冬天，获降卒三十余万，人口百余万。曹操收其精锐，组成军队，号青州兵。
初平四年春天，曹操在匡亭六百里大追击大败袁术、黑山军、南匈奴，徐州牧陶谦率军攻入兖州南部的任城，曹操率军征讨陶谦攻克徐州十余城。
兴平元年夏，吕布同张邈、张超于兖州作乱，曹操仅用三月时间就将其大败，收拢其麾下骑卒，一时间，曹操实力爆涨。
建安元年春，曹操救援天子，斩杀李傕、郭汜为国除两大贼。
而天子封曹操为司空，行车骑军事，百官总己以听。
同年，曹操夺徐州下辖五郡国，与袁术平分徐州，接着面对两大诸侯夹击，更是一南一北，先后将刘表、袁绍击败，天下诸侯无一人敢与其争锋。