十一年春正月壬戌，敕严边备。闰二月甲子，俺答子乞庆哈袭封顺义王。缅甸寇永昌。乙丑，如天寿山谒九陵，免所过田租。庚午，如西山谒恭让章皇后、景皇帝陵。辛未，还宫。乙酉，振临、巩、平、延、庆五府旱灾，免田租。三月甲申，追夺张居正官阶。庚子，赐硃国祚等进士及第、出身有差。夏四月丁巳，张四维以忧去。己未，吏部侍郎许国为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。甲戌，承天大雨，江溢。是月，广东罗定兵变。五月，我大清太祖高皇帝起兵征尼堪外兰，克图伦城。六月乙丑，振承天、汉阳、郧阳、襄阳灾。秋八月丙辰，免山西被灾税粮。九月甲申，如天寿山谒陵。己丑，还宫。冬十月癸亥，停刑。辛未，河南水灾，蠲振有差。十一月己卯朔，日有食之。十二月庚午，慈宁宫灾，敕修省。是年，琉球入贡。
十二年春二月丁卯，京师地震。己巳，释建文诸臣外亲谪戍者后裔。三月己亥，减江西烧造瓷器。夏四月乙卯，籍张居正家。丁巳，游击将军刘綎讨平陇川贼。五月甲午，京师地震。六月辛亥，以云南用兵，免税粮及逋赋。秋八月丙辰，榜张居正罪于天下，家属戍边。九月丙戌，奉两宫皇太后如天寿山谒陵。己丑，作寿宫。辛卯，还宫。冬十月丁巳，停刑。丙寅，免湖广、山东被灾税粮。十一月己丑，余有丁卒。十二月甲辰，前礼部侍郎王锡爵为礼部尚书兼文渊阁大学士，吏部侍郎王家屏兼东阁大学士，预机务。癸亥，罢开银矿。是年，安南、乌斯藏入贡。
十三年春正月辛卯，四川建武所兵变，击伤总兵沈思学。二月丁未，南京地震。京师自去年八月不雨，至于是月。庚午，大雩。三月甲申，大雩。己丑，李成梁出塞袭把兔儿炒花，大破之。壬辰，减杭州织造及尚衣监料银。尚宝司少卿徐贞明督治京畿水田。夏四月丙午，大雩。戊申，以旱诏中外理冤抑，释凤阳轻犯及禁锢年久罪宗。戊午，步祷于南郊，面谕大学士等曰：「天旱虽由朕不德，亦天下有司贪婪，剥害小民，以致上干天和，今后宜慎选有司。」蠲天下被灾田租一年。五月丙戌，雨。六月辛丑，慈宁宫成。壬寅，建武所乱卒伏诛。是月，四川松、茂番作乱。秋八月己酉，京师地震。闰九月戊戌，振淮、凤灾。癸卯，如天寿山阅寿宫。戊申，还宫。庚申，停刑。冬十二月丁卯，汰惜薪司内官冗员。是月，顺义王乞庆哈卒。是年，土鲁番、乌斯藏入贡。
十四年春二月癸未，严外官馈遗。三月戊戌，以旱霾，谕廷臣陈时政。癸卯，禁部曹言事，罢治京畿水田。癸丑，赐唐文献等进士及第、出身有差。戊午，久旱，敕修省。夏四月癸酉，京师地震。六月癸未，松茂番平。是夏，振直隶、河南、陕西及广西浔、柳、平乐，广东琼山等十二县饥。山西盗起。秋七月癸卯，振江西灾。戊申，敕户、兵二部抚安灾民，严保甲。是月，淇县贼王安聚众流劫，寻剿平之。九月壬辰，王家屏以忧去。乙卯，停刑。己未，发帑遣使振河南、山东、直隶、陕西、辽东、淮、凤灾。冬十月丙寅，礼部主事卢洪春以疏请谨疾，杖阙下，削籍。十一月癸卯，祀天于南郊。是年，土鲁番入贡。
十五年春正月壬辰，发帑振山西、陕西、河南、山东诸宗室。三月乙卯，乞庆哈子撦力克袭封顺义王。夏四月，京师旱，大疫。六月戊辰，禁廷臣奢僭。是月，京师大雨。振恤贫民。秋七月，江北蝗，江南大水，山西、陕西、河南、山东旱，河决开封，蠲振有差。八月庚申，以灾沴频仍，敕抚、按官惩贪吏，理冤狱，蠲租、振恤。九月丁亥朔，日当食，阴云不见。己丑，停刑。冬十月庚申，大学士申时行请发留中章奏。十一月戊子，郧阳兵噪，巡抚都御史李材罢。是年，哈密、琉球、乌斯藏入贡。
十六年春三月壬辰，诏改《景皇帝实录》，去郕戾王号，不果行。山西、陕西、河南及南畿、浙江并大饥疫。夏四月，振江北、大名、开封诸府饥。五月，四川建昌番作乱，讨平之。乙巳，以军储仓火及各省灾伤，敕内外官修省。六月庚申，京师地震。甲子，以灾伤停减苏、杭织造。秋七月乙卯，免山东被灾夏税。庚午，定边臣考绩法。八月乙未，诏取太仓银二十万充阅陵赏费。九月己未，停刑。庚申，如天寿山阅寿宫。甲子，次石景山观浑河。乙丑，还宫。庚午，甘肃兵变，巡抚都御史曹子登罢。是月，青海部长他不囊犯西宁，杀副将李魁。冬十一月辛酉，禁章奏浮冗。是年，乌斯藏入贡。