二十三年春正月癸卯，遣都督佥事李宗城、指挥杨方亨封平秀吉为日本国王。三月乙未，赐硃之蕃等进士及第、出身有差。夏五月丁酉，京师地震，敕修省。秋九月戊寅，青海部长永邵卜犯甘肃，参将达云败之。乙酉，诏复建文年号。冬十一月辛未，湖广灾，蠲振有差。十二月辛丑，大学士赵志皋等请发留中章奏，不报。是年，江北大水，淮溢，浸泗州祖陵。
二十四年春二月戊申，麻贵袭河套部，败之。三月乙亥，乾清、坤宁两宫灾，敕修省。壬辰，下诏自责。是月，火落赤犯洮河，总兵官刘綎破走之。夏四月己亥，李宗城自倭营奔还王京。五月戊辰，河套部敌犯甘肃，总兵官杨浚击破之。庚午，复议封倭，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬往。六月，振福建饥。秋七月丁卯，吏部尚书孙丕扬请发推补官员章疏，不报。戊寅，仁圣皇太后崩。乙酉，始遣中官开矿于畿内。未几，河南、山东、山西、浙江、陕西悉令开采，以中官领之。群臣屡谏不听。闰八月乙丑朔，日有食之。丁卯，大学士赵志皋请视朝，发章奏，罢采矿，不报。九月乙未，杨方亨至日本，平秀吉不受封，复侵朝鲜。乙卯，葬孝安庄皇后。是月，河套部犯宁夏。总兵官李如柏击败之。是秋，河决黄堌口。冬十月丙子，停刑。乙酉，始命中官榷税通州。是后，各省皆设税使。群臣屡谏不听。十二月乙亥，陈于陛卒。
二十五年春正月丙辰，朝鲜使来请援。二月丙寅，复议征倭。丙子，前都督同知麻贵为备倭总兵官，统南北诸军。三月乙巳，山东右参政杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务。己未，兵部侍郎邢玠为尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略御倭。夏六月戊寅，皇极、中极、建极三殿灾。癸未，罢修国史。秋七月癸巳，诫谕群臣。丁酉，诏赦天下。是月，杨应龙叛，掠合江、綦江。八月丁丑，倭破朝鲜闲山，遂薄南原，副总兵杨元弃城走，倭逼王京。甲申，京师地震。九月壬辰，逮前兵部尚书石星下狱，论死。冬十月甲戌，安南黎惟潭篡立，款关请罪，诏授安南都统使。是年，琉球入贡。
二十六年春正月，官军攻倭于蔚山，不克，杨镐、麻贵奔王京。三月癸卯，赐赵秉忠等进士及第、出身有差。壬子，群臣诣文华门疏请皇长子冠婚，不允。夏四月丁卯，辽东总兵官李如松出塞，遇伏战死。壬申，京师旱，敕修省。六月丁巳，杨镐罢。戊午，中官李敬采珠广东。丙寅，张位罢。丙子，巡抚天津佥都御史万世德经略朝鲜。秋七月丙戌，中官鲁保鬻两淮余盐。八月丁丑，京师地震。九月壬辰，免浙江被灾田租。冬十月乙卯，总兵官刘綎、麻贵分道击倭，败之。董一元攻倭新寨，败绩。十一月戊戌，倭弃蔚山遁，官军分道进击。十二月，总兵官陈璘破倭于乙山，朝鲜平。是年，乌斯藏入贡。
二十七年春二月壬子，分遣中官领浙江、福建、广东市舶司。是月，贵州巡抚江东之遣兵讨杨应龙，败绩。三月己亥，前兵部侍郎李化龙总督川、湖、贵州军务，讨杨应龙。夏四月甲戌，御午门，受倭俘。是月，临清民变，焚税使马堂暑，杀其参随三十四人。闰月丙戌，以倭平，诏天下，除东征加派田赋。己丑，久旱，敕修省。丙申，以诸皇子婚，诏取太仓银二千四百万两。户部告匮，命严核天下积储。六月己亥，杨应龙陷綦江，参将房嘉宠、游击张良贤战死。秋八月甲午，陕西狄道县山崩。九月，土蛮犯锦州。
冬十月壬午，振京城饥民。丙戌，以播州用兵，加四川、湖广田赋。戊子，贵州宣慰使安疆臣有罪，诏讨贼自赎。十一月己酉，免河南被灾田租。癸酉，振畿辅及凤阳等处饥。十二月丁丑，武昌、汉阳民变，击伤税使陈奉。戊子，振京师就食流民。是年，琉球入贡。