人族历任共主也没有对他们与对纯粹人族有任何分别，但神农选择轩辕做继承人却让蚩尤有些不满，蚩尤乃是上古之时大巫蚩尤的转世。
为的便是为了巫族再搏一把，他们并不想呆在暗无天日的地府之中，想要重临人间。
因此起兵反抗，蚩尤有八十一个兄弟，皆是巫族大巫转世人族，自从得知九黎部落不服自己之后，轩辕也是开始了练兵，打算以强制强，以暴制暴。
跟蚩尤有过接触的轩辕深知，跟他讲道理是没有用的，唯一的办法便是打服他，于是，他开始着急所有大臣商议战略。
一年后，轩辕的不对和蚩尤的军队正面碰撞了，蚩尤的八十一个兄弟哥哥铜头铁臂，钢筋铁骨，还人人有异术傍身。
轩辕军队节节败退，此时，龙族的支援也终于到了，应龙龙族之中的战龙，作战勇猛，暂时对蚩尤大军呈现出压制的一面。
此战耗时弥久，中间双方各施手段，蚩尤一方施展迷雾，让皇帝军迷失方向，皇帝一方便发明指南车指导方向。
更发明了舟车，弓矢大大加快了战争结束的时间。
蚩尤眼看落在下风，对方有各路仙神相助，自己八十一个兄弟更是死伤过半，不甘失败的他一怒之下恢复大巫真身。
完整的大巫真身，自然不是此时肉体凡胎的轩辕能够对付的，于是，各路仙神纷纷出手制服了蚩尤，将其分尸封印于各处。
皇帝一方宣告胜利，将所有支持九黎部族的大小不足也都梳理了一边之后，所有部族都拥有了一个共同的部落名字，华夏部落。
巫族参与此战之人见蚩尤落败，分分退居盘古殿，不在出世，九黎部落孤立无援。
部落首领之女九凤并未随众多巫族一起退回盘古殿，九黎部族眼见大势已去，便向轩辕请降，以九黎圣女九凤和亲。
在众人的劝说下，轩辕同意取九凤为妻，成为轩辕妻子之一，他的元妻乃是螺祖，西陵部落首领之女，创造了养蚕抽丝纺织之法，在人族之中十分收人尊敬。
除了九黎部落，轩辕一生经历了无数场战役，但是都没有九黎部落难打，收复也很快，华夏部落终于完成了统一，轩辕也算是功德圆满了。
之后，轩辕在神农本草经的原理上，根据天地大宇宙，人身小宇宙之法，与臣子探讨观察生命的本质，以及大量的实践和对病症的理解观察，创出素问与灵枢两篇巨著，造福后人无数。
轩辕黄帝统一了华夏部落，因为要平衡大小各部族的关系，于是采取了联姻的方法，将各部族送来的女子统统纳入后宫。
所以子嗣尤其的多，光是受封的边有十四个，百年励精图治，终是功德圆满。
这天，轩辕传位于少昊，摆下祭坛，准备飞升，这次来的除了老子之外还有水灵，功德降临之时，轩辕也忆起了前世今生。