万历四十五年(1617年)，有一股强盗窜入孙祖寿的防区，孙祖寿与敌交锋，强盗用槊来刺，孙祖寿并不躲闪，展臂让过槊锋，紧紧夹住槊杆，抽刀砍其臂膀，吓得强盗弃槊而逃。孙祖寿打了胜仗，被提升为游击将军。
天启元年(1621年)，孙祖寿任蓟辽镇参将。正值辽阳失守，援兵溃败，驻山海关的督抚紧闭关门，不让溃兵退进关内，溃兵气愤已极，意欲攻关。
督抚令道府官员前去安抚未能奏效。孙祖寿请求单骑出关安抚溃兵，溃兵仰慕孙祖寿的德行，很快安静下来并服从他们的调遣安置。
督抚为了表彰孙祖寿的功绩，调他担任中协副将。
兵部尚书孙承宗到边关视察，将蓟镇三协十二路分设三员大将，命令孙祖寿统领西协，驻守在遵化，统辖石匣、古北、曹家、墙子四路。
当时武备松弛，人心涣散，刑罚不严，号令难以执行。孙祖寿上任以后，革除陈规陋习，禁止请客送礼，谢绝说人情、走后门。他还悬下赏格，严明法度：自副将、参将以下，作战不胜，革职不用。
孙祖寿的改革措施令人耳目一新，在军营上上下下引起了震动，发生了震慑力。
孙承宗在皇帝面前称赞孙祖寿：“一钱不取，廉勇绝伦，真是将帅中的佼佼者啊!”
天启七年(1627年)，孙祖寿奉命率兵增援宁锦经略使。巡抚高第中途传箭令其回防。孙祖寿折断令箭，仍执行原来的命令，虽然解围有功受到褒奖，却因违反了高第的命令被免官归田。崇祯二年(1629年)因清兵迫近京师，朝廷诏命各镇入援勤王，孙祖寿变卖家产，招募千名勇士，被予招练总兵一职，负责安置流亡百姓，保护天寿山林木，防止樵采事宜。
他曾写了军事上的3条建议和保卫京师的6项措施，但均未被朝廷采纳。
清军兵临北京城下，孙祖寿与大同总兵满桂率领的勤王之师共同防守凉水河一线，孙祖寿提出了自己的御敌方略，满桂不能虚心采纳良策，孙祖寿只好与满桂各自守住大阵的一角。
激战中，满桂军不支，孙祖寿杀出重围去解救满桂军，不幸被流矢射入前额，壮烈殉国。
孙祖寿死后，朝廷为之震惊、哀悼，赐其“廉威忠勇”四个字，诏命府、州为其立祠，追赠少保、左都督，后又改赠太师，谥忠节，葬于昌平州龙虎台。荫其子孙繁祉为锦衣卫指挥同知。在昌平州城西大街建立一座孙少保牌坊，让过往行人及后世子孙永远缅怀这位毁家纾难英勇抗击清兵的昌平英雄。
袁崇焕什么都还不是的时候，孙祖寿就已经是大将了，不知道比袁崇焕高多少级，就凭这一点，韦宝觉得老金的《碧血剑》为了美化老袁，错漏百出。
通过观察，韦宝觉得袁崇焕与孙承宗的关系，也好像不怎么样。
孙承宗将袁崇焕当心腹，当子侄看待，袁崇焕却似乎只流于表面，态度敷衍，假的很。
孙承宗对袁崇焕是知遇之恩。
天启年间，孙承宗作为大学士、兵部尚书出关驻防，抵御女真人侵扰，孙承宗在关期间广范围地训练士兵。
在培植人才方面，孙承宗拥有了丰富的人力资源，当时的孙承宗身边，文才有茅元仪等，武将有马世龙、袁崇焕、赵率教、满贵、祖大寿、毛文龙等，其中孙承宗对袁崇焕尤其重视，急于出头的袁崇焕遇到爱才如命的孙承宗，给予了很多机会让袁崇焕锻炼和展示才能，使得袁崇焕在众人之中脱颖而出，在孙承宗第一次告老还乡之时推举袁崇焕做了边关总督。从此袁承焕获得了机会，在辽东大展自己的才能。
孙承宗对国家忠诚，但是却嫉恶如仇，与袁崇焕的待人处事不同，在对待魏忠贤的问题上表现的尤其突出。
天启年间的魏忠贤骄横跋扈，无人敢惹，朝廷内部的官员自不必说，就连各地的文官武将都纷纷吹捧魏忠贤，为其进贡送礼、建庙修祠。
孙承宗非常生气，几次想入宫弹劾魏忠贤，都因边关事务缠身未能成行。袁崇焕却不然，追捧魏忠贤，还在他自己的防地为魏忠贤建庙塑像，以表自己对魏忠贤的忠心。在这一点上，袁崇焕与孙承宗是背道而驰的。
孙承宗在清代张廷玉的《明史》中独占一个章节，读过的人都会被孙承宗的高风亮节和雄才大略所感动，在对待同僚和下属的问题上，孙承宗一直是培养、使用、信任相结合，使得一大批文官武将迅速成长起来，成为了国家的栋梁之才。
韦宝知道，在原本的历史中，崇祯即位，百废待兴之时有人推举了袁崇焕，召袁崇焕进京面君，就是后来民间流传甚广的、袁崇焕夸下海口的平台诏对，袁崇焕自称五年可以平定辽东，信口开河地展示自己的才华，当然主要是孙承宗的思想。
但是，袁崇焕却自始至终没有提及孙承宗只言片语，将培养他多年的老师隐匿起来，最后得到了崇祯的赏识，如愿吹来一个蓟辽督师。