御史张宸极上书朝廷说：“贼寇是从陕西来的。陕西将领曹文诏素有威名，士绅百姓为他编歌谣称赞说：‘军中有一曹，西贼闻之心胆摇。’而且他曾经在山西立过功，陕西的贼寇已消灭殆尽，应该下令让他进入山西帮助围剿贼寇。”于是朝廷命令山西、陕西的各位将领一同受曹文诏指挥。
崇祯六年正月，曹文诏抵达霍州，在汾河、盂县打败农民军，又乘胜追击到寿阳。巡抚许鼎臣派遣谋士张宰在大军赶到之前先期尝试着跟农民军战斗，贼寇给惊退了。
二月，曹文诏追击他们，在碧霞村杀了混世王，剩余的农民军被猛如虎驱赶跑，在方山同曹文诏的军队相遇，又被打败，五台、盂县、定襄、寿阳的贼寇都平定了。
许鼎臣命令曹文诏驻军平定，防守太原的东部，命令张应昌驻军汾州，防守太原西部。曹文诏接连又在太谷、范村、榆社等地打败农民军，太原的农民军差不多被剿平了。
朱由检因为曹文诏立功最多，命令他所经过的地区多积攒粮草犒劳他的兵马，并且敕令曹文诏尽快镇压农民军。山西监视军情的宦官刘中允上书说：”曹文诏在徐沟、盂县、定襄围剿贼兵时，这些地方的主管部门不但不给他们稻米，反而用大炮打伤他们的士兵。“朱由检就把此事交给御史察问。
三月，农民军从河内登上太行山，文诏在泽州打败了他们。贼兵逃往潞安曹，文诏到阳城遇到农民军没有打击它，而是从沁水偷偷地出兵拐回来。在芹地、刘村寨袭击他们，斩获了千余首级。
四月，农民军屯兵润城，另外的队伍又打下了平顺，杀害了知县徐明扬。
曹文诏一到，农民军就撤退了，于是曹文诏半夜里袭击润城，斩获农民军一千五百人。
紫金梁、老回回从榆社逃往武乡，过天星逃往高泽山，曹文诏都赶去把他们打败了。
另外的贼兵围攻涉县，听说曹文诏打下了黎城，就赶忙解围离去。
五月，朱由检派宦官孙茂霖做曹文诏军中的中军官。
农民军攻打沁水，曹文诏把他们打得大败，活捉了他们的首领大虎，又在辽城毛领山西面打败了他们。
农民军在屡次战败的情况下，避开曹文诏的主力，大都流向黄河以北去了。
朱由检帝于是命令文诏移兵前去讨伐。
而农民军已在林县打败了邓玘的军队，曹文诏率领五营兵力夜晚出袭，打败了他们。
七月又在柴陵村打败了怀庆的农民军，斩杀其首领滚地龙，又在林源追杀了老回回。
曹文诏在洪洞时，同当地休闲在家的御史刘令誉不和。
到这个时候，刘令誉来按察河南。
四川石石主土官马凤仪的军队在侯家庄被打败，靠着曹文诏的快马赶到才打退农民军。
战斗结束后曹文诏刚刚解甲休息，同刘令誉见了面，说话又不投机。
曹文诏拂衣而起，当面斥责了他。