这样做带来的问题当然很大：对上来说，多部门都可以收取赋税，导致内部管理混乱，真要国家有事的时候，不管钱财再多，国家的力量都发挥不出来。而对下呢，百姓承担了过重的税赋，导致社会消费受到抑制，进而生产受到抑制，然后一方面是让社会始终处于低水平发展。另一方面则容易让老百姓对风险没有什么抵抗力，一不注意就会破产——由此，国家抗风险的能力也极低。
这个时代真正忧国忧民的精英们不是没有看到这里面的问题。也提出了解决办法：比如一条鞭法。
但是人性是这样的：以前没有这笔钱，现在有了，我高兴。以前我有这笔钱，现在不准我收了，那就要跳起来！大明朝运转了两百多年，各个部门早就习惯了自己有自己的小金库，你说不收就不收？
所以，这些年来，自从政治强人张居正死了之后，一条鞭法其实已经开始渐渐的废弛了。大明十几二十个部门，又开始拼命的自己挣钱！
比如说，我们经常听到的太仓库。那其实不是大明的中央银库。而是燕京户部存放银两的仓库。与之对应的，太仆寺有自己的常盈库，工部有自己的节慎库。此外光禄寺、南京户部等，都有自己的银库——燕京户部想从这些银库里拨钱出来，那是根本不可能的。
外廷如此了，内廷自然有样学样。大内二十四衙门，几乎稍有实权的部门都想办法生发，然后建立自己的仓库。比如内承运库、广惠库、东裕库等等……燕京户部对外廷的诸多仓库都指挥不动，对内廷当然是想都不要想。
1592年，当时的宛平县令在自己的日记里吐槽道：本县今年收取的税粮、税银、土特产等，按照国家的要求，要分别送进二十七个仓库！可是这点东西一共折合银子多少呢？不到两千两！这位县令无奈的哀叹：宛平已经是天子脚下的县城了，但是由于需要输送的仓库太多，这路上的损耗也相当惊人。若是那些边远地区的县城，如此荒唐的运输，其损耗又是多少呢？（沈榜，《宛署杂记》）
所以，如此多的部门都在收钱、存钱、建库。给国家带来的危害就不必多说了。那么现在问题来了：除了户部的银库要负责国家官员、军队的俸禄，赈济灾民什么的之外。其他部门的钱都花到哪里了呢？
兵部还是要去弄战马的，但是这战马的质量……哎，马税还是收得太少了。皇上，为了国家的长治久安，要么你增加马税，要么你让户部给我们补贴。
工部还是要去修筑各种诸如防河大堤之类的公共工程的，皇家的林园、先帝的陵寝什么的也该工部负责。但是呢，如果是大内派出宦官来监工，那工部就会百般叫穷，说咱们的节慎库已经干了拿不出钱来——然后工部的官员会百般的挑动监工的宦官：公公，户部掌管国家财政啊，你应该去给皇上说，叫户部出点钱！
总之，收钱的时候这个事情是我负责，出钱的时候大家异口同声：找户部！
至于剩下的钱，部门福利，官员贪污，又或者，给商人们放贷收利息啥的呗。
总之，这个时代的大明朝户部尚书说起来叫“地官”，负责出产万物。实际上是六部尚书里活得最憋屈的那个。