虽然朝廷里争议很大，但是得到朱由栋反复保证的万历皇帝还是下旨：鉴于木邦土司家绝嗣，故而设立大明云南布政司木邦府，下辖三县。同时增设木邦所。由孙承宗担任第一任木邦知府，程才勇担任木邦所千户。
这时候内阁里沈一贯和沈鲤均已去职，朱赓成了独相。老头子一把年纪了，这么大一个帝国如此纷繁复杂的事情一个人怎么忙得过来？所以这会儿朱阁老正忙着和万历打官司：皇上，老臣都七十二岁了，一个人怎么行？麻烦给内阁加点人。
本来万历也没准备累死这位和事佬。先后让大臣们廷推了于慎行和李廷机入阁。结果前者身体不好，没法上班。后者东林党人不喜欢（他们想要的是李三才入阁），任命刚发下来各种弹劾就没停过，只好闭门不理事…...总之，年迈而孤独的朱阁老根本没心思在这点小事上和皇帝墨迹。在皇帝派太监来暗示后，朱阁老很快就弄好了票拟，然后顺利的批红。至此，木邦由宣慰司变为云南直辖府遂成为定案。
在这个过程里，最不爽的就是云南布政司了。
没什么好奇怪的，木邦到底离缅甸近离昆明远。以前是宣慰司，出了事情云南的地方官没责任。现在成了直辖府，这木邦的所有事情都跟云南布政司牵扯上了关系。云南的官员高兴得起来才怪！
当官嘛，除了少数脑袋有病一天到晚想建功立业的傻瓜。谁不想平平安安的做官？把木邦拿进来直辖，万一缅甸又打来了呢？丢失国家直辖领土，一个布政使的脑袋估计是不够的！
所以，面对皇帝和内阁的一致意见，云南的官员们没法硬顶。但是软对抗是少不了的：那个，孙大人，我们云南的财政从来都是不够的，多年来一直都靠四川接济。所以，这新增的木邦府，办公经费啊，官员薪俸啊，驻军费用啊啥的，都得你们自己想办法。还有，我们云南本来就是荒僻之地，很多县城的知县都是举人担任，进士担任县官的比例在大明两京十三省里是极低的……总之，这官我们也是派不出来的。
总之呢，朝廷说了，木邦新入，三年免税。这个我们云南司是绝对支持的。但是其他的，抱歉抱歉，没有了。
孙承宗在昆明受了这样的奚落一点都不生气。相反，他高高兴兴的和云南布政司签了个省府协议。其大致意思就是，云南布政司不派官员到木邦府，也不承担木邦府的所有开销。但是，木邦府以后的产出，直接缴纳到北京的内承运库，与云南布政司无关！
十一月初，在北京接到这份荒唐协议的朱由栋不由得笑出了声。然后他飞快的跑入皇宫里，让万历对这份协议盖了印……之后万历根据这份协议，再次颁发圣旨：既然你们云南布政司不想接纳木邦。那好吧，木邦以后不是普通的府，改用军民府编制！
在云贵川这些地方，布政司以下，府和军民府是同级的行政单位。其不同之处在于，府的官员是流官，由朝廷任命。军民府的知府是当地的土司，不仅是终身制，而且军民府的知府集民政、财政、军事权力于一身！
军民府与宣慰司的区别则在于：前者要像普通府一样按期向朝廷纳税。而宣慰司嘛，朝贡就行了。
总之，军民府这个编制，适用于靠近汉族聚居区，生活习惯有一定汉化，但和普通汉民还是有一定区别的少数民族聚居区。这个军民府内部出了任何问题，都是由军民府自己负责搞定。只要军民府内部的混乱没有波及到其他地方，搞破天了上级的布政司也不用担责任。