克拉克·肯特提前悄然带着露易丝·莱恩离开。
南极冰层氪星飞船内与生父遗留信息的沟通中，克拉克·肯特知道母盒蕴含着强大的能量，乔·艾尔也一再叮嘱克拉克·肯特守护好母盒。
超人原本没有想过动用母盒的力量，因此也不知道佐德将军一行人打算利用母盒做什么。
不过，肯特和莱恩两人都感受到了强烈的威胁，本能地认为应该把母盒抢回来。
故事线继续推进。
联邦政府很快找到了氪星飞船的下落，试探接触过程中遭遇攻击，紧要关头超人及时赶到。
第二场高潮戏份。
联邦军队在超人的掩护下撤退，超人与佐德将军对峙过程中，得知了对方的目的。
为了重建氪星的大局，佐德将军还试图招揽超人，遭到拒绝。
再次一番激战后，超人意识到自己必须与联邦政府合作，于是主动与军方展开接触，试图阻止佐德将军的阴谋。
这个过程中，母盒激活完毕。
氪星飞船出现在大都会城市上空，利用母盒提供的能量开始对地球进行改造，大都会遭到巨大破坏。
开篇的氪星大战场景之后，丹妮莉丝特效再次贡献了一次极其震撼的城市遭遇摧毁的画面。
而且，不同于幻想中的氪星，这次被摧毁的，完全是现实中存在的城市，因此不可避免地引发了观众的强烈代入感。
最后大战。
为了拯救世界，超人与军方携手摧毁了氪星飞船，并且在一场‘超人’与‘超人’之间的对决中杀死了佐德将军。
现阶段的CG特效虽然还无法完全展现出西蒙记忆中《超人：钢铁之躯》那种摧天灭地的特效场景，但在最大程度利用现阶段技术资源的情况下，最后的一场大战，对于九十年代初的观众来说依旧惊心动魄，震撼程度丝毫不亚于去年年底那头霸王龙在大银幕上的摧枯拉朽。
故事的最后，全世界都陷入大都会这场人类与外星人战争的讨论，超人的形象也频繁出现在媒体上。
有人敬仰，有人忌惮，有人大声指责，有人顶礼膜拜。
克拉克·肯特重新隐没在人群，加入《星球日报》的临时总部成为一名记者，在性格暴躁的主编指派下忙里偷闲，与露易丝·莱恩一起站在正在报道‘超人’新闻的壁挂电视前，喧嚷杂乱的画面中，一个穿着仿制超人制服的孩子说，他是个英雄。
两人对视一眼，双手悄然握在一起。
画面暗下。
宏大的背景音乐响起。