“内剪群凶，崇朝大定，外诛巨猾，不日肃清。”请移都表初平三年五月二十二日。太尉、录尚书事马日磾在尚书台召诸尚书议事，在尚书令士孙瑞、尚书仆射杨瓒的全力支持下，很快就对司徒王允的处置意见达成了一致。随即常侍谒者皇甫郦持节，将策书送至王允府上，宣告上意，让王允自行谒廷尉狱。王允被免职等待发落后，其长子、侍中王盖则被勒令罢官归家，王氏族人不经允许，不得擅自出府。其余党羽，比如廷尉宣璠不屑于效仿尚书郎吴硕再次改换门庭的行径，在谒者传诏来之前便在家中自杀。他曾经是董卓手下，蒙王允不弃，给了他改过自新的机会，如今恩主倒下，他再也无颜苟活于世，与其在廷尉狱被往日下属审讯羞辱，倒不如一死了之。马日磾得知消息后大为动容，表示要向皇帝请示，往日罪责一笔勾销、不再追究。除此之外，还有王允的同乡，左冯翊宋翼与右扶风王宏。两人各据京兆左右，兵谷富实，马日磾与赵谦担心此二人不服朝廷决议，割据作乱，特意派兵护送使者征召二人。王宏，字长文，并州太原人，少有游侠豪气，不拘小节。初为弘农太守，在郡中兴起大狱，将所有向宦官购买官爵的人，一共数十人尽皆拷掠收捕，下狱论死，威震三辅，是个极有主意和决断的人。他接到诏书，正如马日磾等人所料，不愿就此入京，特本想遣使赴左冯翊寻宋翼，试图说服他与自己一同拒不奉诏，坐地观望，好让朝廷投鼠忌器，不敢对王允施加重罪。可如今李傕大军旦夕即到，左冯翊被叛军隔离在外，就连朝廷的诏书都不一定得到，又何况是王宏的信使联络不到宋翼，王宏一人也独木难支，再加上皇帝时常在上林苑演练诸军，而上林地近右扶风的治所槐里，重兵在侧，朝廷完全可以在短时间内出动少量兵力闪击试图割据的王宏，再回师防御叛军。无奈之下，王宏只得服从朝廷征召，免除一切官职，与王允一起押入廷尉狱。这场风波就连司空淳于嘉也未能幸免，以阿附之罪一同下廷尉狱待审，短短时间，王允党羽几乎被一网打尽，三公一日倒了两个，引发朝野人心惶惶，无疑是一场政治地震。但其中也有幸免，比如司隶校尉黄琬，由于关西豪族对其观感不错，为人正直，平常又未曾阿附王允做什么事，故而免去牵连。至于王允的亲信、尚书右丞赵戬，赵岐到底还是舍不得让自家侄子陷入囹圄，在他的奔走下，选择低头请马日磾为其说情。而赵戬得知后，为了报答王允的故主情谊，还是坚决辞官。另外就是秘书丞王凌，本来他也该与王允长子、侍中王盖享受同样待遇的，只是由于尚书令士孙瑞事先得了皇帝吩咐，出面保下他，这也算是让王凌远离了这场风波。有了黄琬、赵戬与王凌的例子，足以表示皇帝不愿将王氏党羽连根拔起，于是朝中人心渐渐平复下来。以皇帝洁身自好的性格，自然不会亲自下黑手翦除于国有功的重臣，他在事先下发口谕令太尉马日磾与前将军赵谦负责此事后，便一清早就摆驾出城前往上林苑，提前开始了准备在月底才进行的演武。这次演武由羽林、虎贲、北军五营、还有宫中兵卫参加，一共有一万七千余人，步骑兼备，弓弩强劲，单论气势，就足以称得上是一支精兵。在拿出从郿坞缴获的财物犒赏三军将士，各有提拔之后，众军士气高涨，将校拥戴，迅速将李傕等十万大军压境所带来的不利影响给消除到最小，并且稳定了军心。等到身在上林苑的皇帝处理完了军中的一切，得到马日磾命尚书台下诏对付王允的消息后。他立即连夜赶回长安，做出一副毫不知情的惊愕模样，但这时候王允党羽早已尽数入狱，诏旨已发，不可追回，只得默认事实。一场自董卓死后便引发的朝堂争斗，终于在这两天尘埃落定，胜负立分。王允倒台，朝廷在皇帝的主持下开始论功行赏，以前将军赵谦为司徒、与太尉马日磾并录尚书事；以光禄大夫杨彪任光禄勋，顶替了南阳人邓渊，为皇帝掌握郎卫；其后又迁廷尉正法衍为廷尉，专司王允案。不久朝廷又调整官吏，将光禄勋属下羽林、虎贲两支郎卫分割独立出来，成为与北军五营一样的编制军队，各自扩充兵额，共六千人。同时也分离出了谒者台，将谒者台正式从名义上获得与御史台、尚书台等同的地位。这样做一来扩充了军队，方便将羽林、虎贲直接归皇帝掌握，另外也能提高谒者仆射杨众的地位，算是变相的酬功于杨氏。最后诏拜征西将军皇甫嵩为车骑将军，并以其为主，北军中候王斌、羽林中郎将徐荣等人为副，统率长安各军负责守卫城池。赵谦为表支持，主动将手下四千益州叟兵交了上去，这支叟兵是由叟人组成的军队，以勇敢善战著名，曾借此镇压白波黄巾。这样再加上皇甫嵩手下两千余人，建义中郎将段煨手下万余人，以及护羌校尉杨儒招募的三千新兵、荀攸与皇甫郦前往左冯翊以财物说来助战的数千羌胡义从，长安可勉强拉起一支将近四、五万人的队伍。此事过后，还引起一阵余波，长安市民在甫一开始听到王允被捕入狱后，在有心人的挑唆下舆情纷扰，险些闹出事端。皇帝为了安定城内百姓，命京兆尹司马防内松外紧，逐一排查，在处决了几个寻衅滋事的恶徒、以及秘书丞王凌改任长安令现身说法以后，长安才逐渐开始安定。