这一年的下半年,罗马不太安定。
先是秋天接连下了半个月的大雨，以至于罗马城内开始内涝。凡娜莎搬到城外的葡萄园暂住，露克蕾莎则带着戈弗雷在奇维塔韦基亚城堡常住。至于切萨雷,他得跟教皇一起留在罗马。
雨势极大,电闪雷鸣，有一天,一道闪电恰好劈中亚历山大六世在教皇宫的卧室,当时教皇正要就寝，两名仆人在伺候圣父。闪电导致教皇和两名仆人全都倒地，一度失去说话能力,幸而白天教皇便恢复了健康。
事后，列奥纳多达芬奇被召唤到教皇宫,设计了整个梵蒂冈的避雷针系统。
亚历山大六世巡视了两次罗马城,慰问了一些受灾群众,慷慨的许诺将在春天重新疏通沟渠，并承诺要大力整顿城市卫生，分片治理城市卫生,不允许当街倾倒排泄物没有及时排到台伯河的雨水沉积在街道上,沟渠堵塞，排泄物反涌,就算是冬天，罗马城也臭不可闻。
雨水几天后退下去，留下一地的死老鼠。
接着入冬之后,罗马城里爆发了新的疫病,主要还是黑死病。据说是从西班牙被赶出来、逃到意大利的犹太人带来的。
作为教皇,亚历山大六世并不歧视犹太人也因此他被那些对他不满的敌人污蔑为“犹太杂种”罗马城对犹太人敞开大门,但有趣的是,必须交足够的“入门费”才能进城，成百上千的犹太人只能在亚壁古道上搭建帐篷居住，卫生情况堪忧。
疫病在雨后很快爆发，从深秋到年底，罗马城里死了上千人，就连枢机主教都有几个中招，在短短一个月里接连死了三名枢机主教。
教皇不得不将教廷整个迁往维泰博，这是11月底之前的事情。
教皇现在不差钱。
死了的枢机主教才是最好的枢机主教，按照教廷的规定，主教们死后财产全部归教廷所有。被称为“教会王子”的枢机主教们全都身家不菲，枢机主教的财产平均每人有100万之巨，他们死的太突然，也没有来得及留下遗嘱，除了大概2030的现金存款不知道存在何处，三名枢机主教一共为教廷捐赠了200万达克特的财产，其中一半是不动产。
财产到手，教皇爸爸又给胡安送去了10万达克特的现金，还写信给儿子，殷殷期盼儿子早生贵子，要他对玛丽娅公主好一点。胡安刚结婚那两个月，教皇在西班牙的代理人写信回来，说甘迪亚公爵整天不着家，还虐待妻子。
但据玛丽娅公主写给露克蕾莎的信来看，肉体虐待是没有的，胡安没这么不讲究；精神虐待还是有不少的，比如冷暴力之类。所以露克蕾莎痛快出卖了哥哥，请玛丽娅公主不要客气，该收拾的时候就要收拾。
教皇爸爸又给了切萨雷几个修道院，给了戈弗雷两个葡萄园，给了露克蕾莎10万达克特，外加几个橄榄种植园和葡萄园。
露克蕾莎转手送了一座葡萄园给达芬奇大师。
列奥纳多在罗马待着相当快乐。
波吉亚花钱特别大方，从不拖欠报酬。什么都想到他，他的工作根本做不完，以至于必须写信邀请米兰的朋友来罗马帮忙。他跟尊贵的小姐说了这事，小姐特别豪迈，请他尽管邀请朋友，一个不够，一打也不嫌多，波吉亚家没什么别的长处，就是特别会花钱。
不差钱的大师也动力十足。
他相继完成了圣天使堡的防御工程、奇维塔韦基亚城堡的防御工程图纸、梵蒂冈的防御工程图纸；为教皇宫波吉亚房间的露克蕾莎房间打好了壁画底稿，又为圣天使堡宴会厅的壁画最后的晚餐做了详尽的设计稿，得到了小姐和教皇的双重肯定；