相持
袁军初战失利，但兵力、粮草、军货、财力仍然占据明显的优势。
后来，曹操回到官渡，沮授向袁绍说：“河北兵虽然人多势众但勇猛不如河南兵，河南的粮草、军货、财力都不如河北；河南利于速战速决，河北利于缓慢战斗。所以，我们营让两军缓慢相持，拖长战事。”沮授建议以持久缓进的战术来消耗曹军，但袁绍又不听从。
七月，进军阳武（今河南中牟北），准备南下进攻许都。八月，袁军主力接近官渡，依沙堆立营，东西宽约数十里，曹操也立营与袁军对峙，曹军“合战不利”。九月，曹军再度出击，与袁军交战不利，再次退回营垒，坚守。
袁绍构筑楼橹，堆土如山，用箭俯射曹营。曹军制作了一种抛石装置叫作霹雳车，发石击毁了袁军所筑的楼橹。袁军又掘地道进攻，曹军也在营内掘长堑相抵抗，粉碎了袁军的计策。双方相持三个月，曹操处境困难，前方兵少粮缺，士卒疲乏，后方也不稳固，曹操几乎失去坚守的信心，一日见运粮士兵疲于奔命，于心不忍，不禁脱口而出，“却十五日为汝破绍，不复劳汝矣！”曹操写信给荀彧，商议要退守许都，荀彧回信说：“袁绍将主力集结于官渡，想要与公决胜负。公以至弱当至强，若不能制，必为所乘，这是决定天下大势的关键所在。当年楚、汉在荥阳、成皋之间，刘邦、项羽没有人肯先退一步，以为先退则势屈。现在公以一当十，扼守要冲而使袁绍不能前进，已经半年了。情势已然明朗，绝无回旋的余地，不久就会发生重大的转变。这正是出奇制胜的时机，千万不可坐失。”于是曹操决心继续坚守待机，同时加强防守，命负责后勤补给的典农中郎将任峻采取十路纵队为一部，缩短运输队的前后距离，并用复阵（两列阵），加强护卫，防止袁军袭击；另一方面积极寻求和捕捉战机，击败袁军，不久派徐晃、史涣截击、烧毁袁军数千辆粮车，增加了袁军的补给困难。
官渡之战
期间，汝南郡黄巾军刘辟叛变，袁绍使刘备前往相助，又派韩荀钞断曹军西道，皆被曹仁击破。江东孙策意欲偷袭许都，却被刺客暗杀。
奇袭
十月，曹操在与袁绍相持日久，百姓疲乏，多叛应袁绍，曹军缺乏粮食。袁绍又派车运粮，并令淳于琼率兵万人护送。沮授建议“另外派遣蒋奇率领支援军队行进在运粮军队的外表，以断绝曹军的抄掠”，但袁绍又不从。
淳于琼率领着没有外表援军的运粮军队夜宿于乌巢（今河南延津东南），距离袁军大营仅剩四十里的路程。恰在这时，袁绍谋士许攸投奔曹操，建议曹操轻兵奇袭乌巢，烧其辎重。曹操立即付诸实行，留曹洪、荀攸守营垒，亲自率领步骑五千，冒用袁军旗号，人衔枚马缚口，各带柴草一束，利用暗夜走小路偷袭乌巢。到达后立即围攻放火。袁绍获知曹操袭击乌巢后，一方面派轻骑救援，另一方面命令宁国中郎将张郃、大将高览率重兵猛攻曹军大营。可曹营坚固，攻打不下。当曹军急攻乌巢淳于琼营时，袁绍增援的部队已经迫近。曹操励士死战，大破袁军，曹军骁将乐进斩杀淳于琼等，并将其粮草全数烧毁。张郃、高览闻得乌巢被破，于是投降曹操，导致了军心动摇，内部分裂，大军崩溃。袁绍仓惶带八百骑兵退回河北，曹军先后歼灭和坑杀袁军七万余人，也有说是八万人。
官渡之战增强了曹操的实力，为曹操击溃袁绍，统一北方奠定了坚实的基础。北方仅有曹操和袁绍势力较大，此战击溃了袁绍，北方就无人能和曹操抗衡。
官渡之战后，曹军活捉了沮授。沮授一直深得曹操赏识，起初曹操赦免沮授并且厚待他，但最后沮授因想要回到袁绍阵营而被曹操杀害。