大量液态水出现后，在一些地底高温岩浆和气体的作用下，它们开始大量的从液态变成气态，它们升上天空，形成了最为原始的火星大气层。按照火星大气层的宿命，这些水蒸气一定会逃逸到太空中，然后消失不见。但是在火星刚刚出现的磁场的束缚下，这些水蒸气并没有逃逸到太空中，它们被火星磁场束缚在火星表面。
在刚刚出现的火星地表裂缝中，还喷出了很多的高温气体，这些高温气体的成分非常复杂。它们融入天空中的水蒸气中，共同形成最为原始的火星大气层。
火星上从内而外的变化足足持续了半年时间，经过这半年时间的不断演变，火星的磁场已经彻底稳定下来，火星表面的低洼地带出现了几个小型湖泊，空气中出现了原始大气。但这些原始大气里主要以水蒸气为主，其它还有大量的二氧化碳，外加微量的氧气，除此之外，就是很多的有毒气体。
在燕飞的努力下，火星的环境已经得到巨大改变。但这样的火星环境非常恶劣，根本就不适合人类在上面居住和建设。想要让它变得环境宜人，燕飞还必须在之前的的基础上进行第二次开发。
在这半年时间里，燕飞无人机母舰的第二个子系统——运输机系统第一次得到了使用。燕飞已经将这两艘运输机派了出去，让它们前往小行星带，按照之前得到的情报对这里的一些含有大量水源的小行星进行捕捉，然后将这些小行星收进通用空间，再让超级战斗机按照一定的速度和角度将这些含水小行星投向火星。
这些含水小行星依次撞击到火星地表上，通过这种撞击为火星继续加热，同时还不断改变火星的地形地貌，为火星的地形多样性创造条件；但因为这些小行星是从极低的高度被释放出去的，它们对火星表面虽然有一定影响，但是却无法对火星进行巨大的破坏。就算这个时候有人在地球上利用望远设备观察着火星，也不会发现有小行星正在撞击火星。
这些小行星还为火星带来了巨大的水资源，增加着火星的生命底蕴。在两艘运输机的不断努力下，火星上的水资源急剧增加。当整个小行星带的含水小行星全部被燕飞转移到火星上的时候，火星上的水资源在之前的基础上足足增加了十倍。
但这点水资源只够将火星表面的15%面积覆盖，而且被覆盖地方的水还不深，依然无法满足大量地球人类在火星上生活的条件。到了这个时候，燕飞就将目光放到了太阳系内水资源含量最为丰富的一颗星球，木星的卫星——木卫二上面。