五月，朝廷任命永乐少府荆州南阳郡鲁阳县人樊陵为太尉。
樊陵乃顺帝时著名隐士樊英之孙。据传樊陵和曹嵩均为买官得到太尉的职位。樊陵与宦官交好。
六月丙寅日公元188年7月27日，司隶遭遇罕见的大风。
太尉樊陵罢免，又转任京兆尹，接替生病的李受。
益州刺史司隶河南尹偃师县人郤俭在益州贪赃枉法、暴虐害民、天怒人怨。
荆州南阳郡人马相，自号黄巾，与赵诋、王饶、赵播等一、二日内合聚益州疲役之民数千人，先杀绵竹令李升，吏民拢集，合众万余人，攻破广汉郡雒县，杀死益州刺史司隶河南尹偃师县人郤俭。
郤俭善养身之道辟谷和饵伏苓。
数月内，破坏广汉、蜀郡、犍为三郡，马相自称“天子”，众至数万人，遣兵破巴郡，杀巴郡太守赵部。
蜀郡张鲁和巴郡张修响应，马相称天子高于系帅张鲁，张鲁和张修退出。
御史中丞冀州勃海郡南皮县人张纳接任巴郡太守，治书侍御史韩馥升任御史中丞。
益州从事贾龙与益州犍为太守任岐领兵数百人在犍为郡东界，摄敛吏民，得千余人，攻马相等，数日破马相军，斩马相等，平定益州，州界清静。
贾龙选吏卒迎接来益州任益州牧的刘焉。据传犍为太守任岐并不支持贾龙迎接刘焉。
之前，马相起事，去益州的道路不通，刘焉停留在荆州与益州边界上。
刘焉设益州州府治所在绵竹，抚纳离叛之民，施宽惠政务，收买人心。
刘焉任命跟随刘焉入益州的辞官侍中董扶出任蜀郡属国都尉。蜀郡属国在蜀郡西南部。
冀州刺史王芬等谋假以出兵剿黑山军，趁帝访河间郡旧宅时劫帝，诛宦官，废帝，立合肥侯为帝。
正巧北方夜半有赤气，东西竟天，太史令王立上言北方有阴谋，不宜北行。帝乃止。
帝敕令王芬罢兵，接着又征王芬入朝。王芬惧怕，挂印逃走，至青州平原郡，自杀。
辽东襄平人尚书郎公孙度出任冀州刺史，但因谣言，旋即被罢免。东郡聊城人议郎贾琮继任冀州刺史。
贾琮在任议郎前出任过豫州刺史，京兆尹、交州刺史。
青州平原郡、冀州甘陵国清河国、兖州东郡、司隶河南尹、司隶河内郡、司隶弘农郡、司隶河东郡等黄河沿岸七个郡国发大水，朝廷、郡县官吏寡救，民不聊生。
秋七月，射声校尉司隶右扶风郡茂陵县人马日磾为太尉。马日磾乃经学大师马融之族人。袁术叔伯袁隗之妻马伦为名儒马融次女。
八月，皇帝见天下大乱，动用私人金库组建皇家西园军，设西园八校尉，每人设二千兵编制，招满可达一万六千人。
以宦官小黄门司隶河南尹洛阳人蹇硕为上军校尉
虎贲中郎将豫州汝南郡汝阳县人袁绍为中军校尉
屯骑校尉兖州泰山郡平阳县人鲍鸿为下军校尉
议郎豫州沛国谯县人曹操为典军校尉