在议会之下设立了军部，星之沙，和真理之殿三个部门。
军部统管作战，由三位巫师主宰负责，作战时可以征调一切有生力量进行战争，下至巫民，上至主宰，只要是联盟需要，任何联盟公民都有义务服从征调，为联盟作战。当然主宰毕竟是联盟的支柱力量，不可轻动，一般很少会征调主宰，而且军部对主宰的征调都是以任命将领，统领负责整个范围战局的形式宣布。
星之沙则是一个任务保密的组织，成立一个纪元以来几乎鲜有事迹流传于外。传言联盟议会规定只有6级以上，进入联盟议会之后才有知晓其任务职责的资格。而它的成员则是分布甚广，遍布巫师联盟各处，当然它的组织成员实力基本都是在5级以上。
最后的真理之殿，故名思议就是巫师追寻真理的殿堂，巫师世界智慧之光的结晶，所有的巫师知识最终都将汇聚在此，它引领着巫师世界的智慧发展和走向，是文明的象征。联盟的所有主宰都会轮换在真理之殿驻守，里面会保持十三位巫师主宰常驻。研究真理奥义，通常驻守的主宰又称十三真理镜像。真理之殿坐落在巫师联盟的中心时空，无有专门的引导，就算是主宰也无法进入其中。
像之前骸恐在要塞兑换的那些知识都是由真理之殿整理总结，编著而成，用联盟积分兑换而出的。
在军部对外作战实行协管制。联盟军部负责指挥掌控作战，联盟议会负责监督，审议决案。
联盟军部之中，三位军部的负责主宰分别是：“战争号角‘’圣.班塔8级巅峰主宰，“烈阳之环”圣.青罕8级中期主宰，“智慧之眼”圣.落蓝8级巅峰主宰。
在这三位主宰的强力统领之下，有众多7级，6级，5级圣巫师组成的作战管理集团，负责策划，制定，颁布，指挥，实施各种作战计划。更不用说4级以下的亿兆巫师参与战争了。
在军部总指挥部六位六级圣痕巫师，三位七级圣痕巫师，平时就长期值守，而战争时刻8级的主宰们也会出现。
像世界群落战争这样的大型战争期间，这值守力量更是庞大而恐怖，联盟之中，光此时坐镇军部等候调遣的8级主宰就有四位，当然这四位是其他世界出身的主宰，并非巫师世界联盟本身的巫师主宰。
此时一股强大的威压降落到了军部联盟的上空，一道宏大的主宰意志降临了，负责军部的“智慧之眼”主宰和值守的四位主宰连忙分出意志迎接，几道意志一番交流。片刻之后，降临的主宰意志消散，军部的主宰们达成了统一意见，一道命令产生了。
“命令前往C32的菲咔运输小队，原运输任务不变，绕路前行，继续前往指定地点，执行任务。派出特战小组圣六环小组前去处理卡洛斯之眼带来的虚空湾流异状。”
片刻之后，这份紧急命令传到了菲咔小队手中。看着这份命令，骸恐的心中之前的猜想又肯定了几分。