至于四川巡抚叶九思，自动乱开始就未见到他人，而当巡抚衙门被白莲教众猛攻之时这叶九思也未出现。城中近万白莲教众汹涌而来，挥舞着武器，口中高喊着“真空家乡，无生老母”的八字真言，悍不畏死，在王致清的指挥下付出百多人的伤亡后终于拿下了巡抚衙门。
随后，成都各门逐一陷落，城中清军抵抗力量越来越弱，由于自巡抚到知府，以及成都参将等各级清廷官员一直未及时出现，导致清军无法组织起有效的反抗，至酉时，成都全部被白莲教众所占领，如此首府就此丢失。
成都丢失后，人们才知道四川巡抚叶九思的下落，原来当日一早叶九思就莫名其妙死在其房中，至于是怎么死的外面的传言颇多，有的说是叶九思被人毒死的，也有的说是叶九思得了马上风死的，但不管怎么样，这一日蹊跷死的在川清廷官员可不仅是叶九思一人，其究竟原因明白人自然知晓。
当日，不仅只是成都，包括金堂、彭州、简阳、崇州、中江、乐至……等十多个州县同时也有白莲教众同时起义，一时间川中白莲教众聚众三十多万，仅用三日时间就取得了以成都为中心的周边百多里的区域地盘，起义成功后，王致清自称弥勒在世，号三圣王，昭告天下起兵反清，以建天下乐土。
而同时，在江夏的高进部早就留一部用以迷惑清军，而主力悄悄沿江而上，神不知鬼不觉地过宜昌，入巴东，趁清军暂未反应过来时一举就冲进川中，然后直接沿长江向重庆府而去。
自明末后，重庆由于多次战乱导致人口锐减，直到康熙四年，重庆全城仅只有三千余人，作为一个府城，这点人还不如浙江的一个镇子的人多。后来清廷采取了湖广填四川的政策，这才使得重庆的人口逐渐增加，但至此重庆依旧未能恢复元气，当高进部沿江而上，一口气突然打到重庆的时候，重庆守军根本无法抵抗，二月初二，重庆落入高进之手，这样一来成都、重庆这川中最重要的两座城全部被占，四川几乎全境丢失，天下为之震动。
二月十一，王致清部同高进部在武胜汇合，两部合二为一，此时王致清已拥兵五十万，而高进部也扩张到了十万人马，合兵一处的白莲教总兵力超过了六十万，从兵力人数来看几乎超过了南京的大明。
高进被王致清封为平寇王，同时下嫁其女二人，高进也不拒绝，当即同意拜王致清为主。就此两部正式合二为一，其势更是大振，而在江西的隆科多得知此事后惊恐万分，连忙出兵攻击江夏，但此时早已晚了，江夏的高进部仅留了千人虚张声势而已，当高进西进入巴东时，这千人已在高进的安排下早就以整化零不知所踪，也许跟随高进往西去了，或者返回鄱阳湖潜伏，另待机会。
二月底，消息传到南京，正在南京准备下一步计划的朱怡成得知此变后同样大惊，他没想到川中白莲教居然会有如此动静，而且一下子膨胀到如此程度。如今整个四川入到白莲教手中，而且再加上高进投靠，王致清如虎添翼，以川中为基，白莲教的触手直接可进至鄂、豫、陕、甘四省，其发展绝对不能小视。
白莲教如此起事使得天下局势顿时一变，为此，朱怡成连忙招来各重臣会议，以商讨对策。