朱翊钧听了，脸色严肃。申时行接着道：“因此，臣等议论的虽是翰林院兴革，但因为事关政事堂的产生以及诸相任免——”
朱翊钧腰身在御座上挺直了，刚才停笔听申时行奏对的太子也目光炯炯的看着自己的父皇，听申时行接着道：“内阁与后来的政事堂之设，类汉唐之尚书省，间隔皇帝与六部，所谓总汇枢机者——我朝翰林学士之任命，乃天子钦点，与外朝会推无干。而所谓“非翰林不入阁”，其本质是将内阁诸相的任命权置于君权之下，此乃祖宗强化君权之法也，此乃‘事关根本’者一。”
朱翊钧点头称是，太子已经听得呆了，小脸已经皱了起来。申时行接着奏道：“因皇上经筵侍讲、东宫侍读者皆为翰林，所谓‘天子近臣’也，翰林在侍讲、侍读过程中，已经得到了信重，自然在从政后位高权重......此为事关根本者二。”
申时行接着道：“此前翰林最高不过五品，朝廷设立迁转之阶无非两京国子监、詹事府等职，途径狭窄。祖宗之意仍是将‘储相’们多多的考察磋磨，非有大毅力耐心者不得快速晋升，仍为选材之法。如今既然‘宰相起于州郡’，庶吉士、翰林外放仍比三甲进士起步高许多。因此朝廷馆选，进士们仍趋之若鹜。”
朱翊钧点头道：“先生们议论的是。那改革之策如何？”
申时行定神道：“政事堂以为，此番翰林院改革，有两个方向，拟请圣裁。”
“一是改翰林院回秘书本职，此后不再馆选庶吉士，将翰林院与侍从室合并，改名秘书台，内设档案馆、兰台院、秘书处三个机构，分别负责档案、典籍整理、诏书制发、调查研究等，为皇上所用的专门秘书机构。”
朱翊钧听罢，眉头微皱，等申时行说第二条。申时行没看皇帝的表情，只接着奏道：“第二个方向则改动较大，秉承皇上将翰林院‘从礼部独立出来’并‘复兴华夏真道统’的旨意，臣等以为——”
顿了顿并轻咳一声，他接着回奏道：“可以将翰林院的秘书职能全部剥离到侍从室，废国子监并改翰林院为太学院，为专门的历史研究、道统辩处、政策调研、档案整理、经筵侍讲的机构。”
朱翊钧听了面色稍霁，闻言点头道：“从政事堂之设及诸相选拔制度的改革现状来看，翰林院确实并无保留的必要。侍从室可以改名为侍从处，将诏书制发职能拿到政事堂，侍从处用宝。其余的按刚才奏报的形成详细方案，征求朝野意见。”
申时行先吃了一惊，随即心念电转，低头回奏道：“是。”
皇帝接着点评道：“变法前翰林学士作为皇帝秘书制诏，根本仍是将皇帝与朝廷对立。设若上下同欲，制诏不过文书工作而已。若上下不同欲，皇帝颁诏只会撕裂朝廷，幸进之徒不免从中取利，煽动紊乱朝纲——太子，此中道理可明白？”
太子将笔放下，束手恭敬答道：“皇儿明白。凡大政之出，必先朝野达成一致方可颁行。”
朱翊钧脸上露出笑容，赞道：“太子最近长进颇大。”太子小脸涨的通红，嘴角咧起来压不住。
朱翊钧随即转向申时行道：“你们提出的第一个方案庙算不远，若秘书台立起来，将来不免与政事堂争权——中兴郡王所留下的‘政令混一’之局面不免毁于一旦。你们或觉‘异论相搅’之心可以称旨，其实是想多了。”