本次太学入学400名，按学生成份，高门大族分为甲班，寒门士子分为乙班。甲班也叫君子班，乙班也称术数班。虽然名义上是分开了，但在太学中的主要课程中还是在一起上的，只有少量的专修课程才分开。
北朝太学的主要课程是经学，不像南朝玄学佛学都有。东汉到北魏立国，经书仍主要是以七经为主，包括论语、孝经、诗经、尚书、礼记、周易和春秋。其中论语和孝经是太学前主要学习和入太学主要考试的课程，进太学以后五经为课程基础。
南朝也很重视太学，而且思维很开放，不拘泥儒家单一思想，玄、佛、道都接纳。南齐武帝永明三年，王俭以宰相兼国子祭酒的身份，每十天到国子学一次，“监试诸生”，使衣冠翕然，并尚经学，儒教大兴。梁国，五经学馆的博士们皆精通儒学。贺瑒精通礼记，馆中生徒常百数，弟子明经对策至数十人；沈峻博通五经，尤善三礼，讲授时听者常数百人。
北朝道武帝建国伊始，则以经术为先，置五经博士，到天兴二年399年五经群书又各置博士，分科学习。每经的学习除传统内容外，引入了经注的内容，现在比较盛行的经注有王弼的周易注、何晏的论语集解、杜预的左传集解、杜预、服虔的春秋注、何休的公羊注、麋信的谷梁注、郑玄的孝经注等。这些经注不受传统思想束缚，将经学推到另一个高峰，无论北朝南朝都欣然接受。
除了五经大班之外，甲班的君子班另外学习琴棋书画，又称“四君子学”。其中一科为必修，其他三科为选修。此外围棋对乙班开放，即乙班学生也可以选学。乙班即术数班另外学习一些内容，主要是术数、兵法和技击。术数教授九章、七曜、以及前算生博士殷绍的四序堪舆等。兵法和技击都是武官将来用的。太学规定，乙班的课程对甲班全开放。
小班课程教课的博士，有经学博士兼课，也有单独的。如太学博士柳谐先生，既善于讲毛诗又善于鼓琴。他在琴艺上功力突出，曲调与手法皆有独创，弟子翕然从学。新晋升的博士魏收，善讲春秋，长于辩论，还是个围棋高手，兼讲围棋。
时下文人墨客，附庸风雅，喜欢技击比赛和对弈比赛，所以太学也设了这两科作为辅助，并参加官府定期组织的相应比赛。技击兵法优异的虎贲羽林军队会选取做下级军官或文职。
太学里每个经学内容由一至二个博士教授，每个博士占据一个学馆，每个学馆再配置两个助教，这样每个学馆都有了对应的名字，如魏博士馆、常漺博士馆等，学生依据每学期报名上课内容，经常穿梭于各个教馆之间，师从于不同的老师。
太学满学制为年，每二年一次考试学满两年，试通二经补文学掌故；文学掌故满二年，试通三经，推其高第为太子舍人。太子舍人二年，试通四经，推其高第为郎中。郎中满两年，试通五经，推其高第随才而用。因此，通常新生第一个二年学度，都报名二经以上，这样两年大考试的时候，通过两科的把握性大些。第二个二年学度，多数人把五经剩余的科目一并学习，并重点其中之三，好拔尖晋为舍人。不过除其特殊的天才，多数寒门不可能晋级太子舍人，所以四年太学生涯后，他们拿个文学掌故的文凭，回乡补吏或改行。
太学的休息制度与官府一样，每五天一休，月末根据大小月还有时候四天一休。以前历朝官府要求各级官吏在四天上班时间必须全天值班在岗不得回家，但到魏晋以后开始宽松，各个部曹晚上轮流排班值日，其他人都可回家。不过太学院还是循旧制上学期间不得回家，只准半旬末的下午提前放学才允许回去。另外早课、正课、晚课，无论是讲授辩论还是温习辅导，要求老师都在，因此老师和学生都称着休息的一天，回家、沐浴、游玩等。