与前任兵部尚书的呆滞木讷之状迥然不同，因此崇祯帝每次召见他的时间都远远超过规定时间，对他几乎言听计从，甚至惊叹：“用卿恨晚！”
杨嗣昌莅任前的崇祯九年（1636年）七月，孙传庭在黑水峪大破起义军，生擒高迎祥，局面有所好转。杨嗣昌在守制时关心时局，因此在出任兵部尚书后就已对明朝的未来有了详细的规划。
他对明朝未来的规划可归纳为三点：一、攘外必先安内；二，足食然后足兵；三、保民方能荡寇。其对策主要集中于前两点。
对于第一点，他认为天下大势好比人的身体，京师是头脑，宣、蓟诸镇是肩臂，黄河以南、大江以北的中原之地是腹心。
如今形势是烽火出现于肩臂之外，乘之甚急；流寇祸乱于腹心之内，中之甚深。
外患固然不可图缓，内忧更不能忽视，因为它流毒于腹心，如果听任“腹心流毒，脏腑溃痈，精血日就枯干”，徒有肩臂又有何用呢？所以他主张先与刘元昭这边和谈，稳住京师附近的局势，专心致志、一鼓作气的剿灭农民军。
对于第二点，他建议增兵十二万，其中步兵七万四千人，马兵三万六千人，并增加饷银二百八十万两，采取均输、溢地、寄监学生事例、驿递四个途径。于是崇祯帝在他的建议下先后向民众加派剿饷和练饷。
之前崇祯手中还有些钱，但是经过剿匪一事，花的不多了，而且满清被灭，他又少了一大笔收入，不得已只能增派辽饷。
至于之前文武百官士绅富商踊跃捐赠的局面，在刘元昭领兵撤退之后，就没再出现了。
杨嗣昌所提的三点纲领，都是为了实现他“四正六隅、十面张网”的围剿计划来服务的。这一计划的执行依靠的是五省总督洪承畴和五省总理王家桢的配合。
洪承畴已在围剿农民军的过程中颇建功勋，但王家桢被杨嗣昌认为是个庸才，不堪此任，于是杨嗣昌经密友礼部侍郎姚明恭的介绍，向崇祯帝推荐了两广总督熊文灿接替五省总理。
熊文灿，四川省泸州市叙永县人（永宁卫），万历三十五年进士，授黄州推官，历礼部主事、郎中，山东左参政、山西按察使、山东右布政使，兵部侍郎、尚书等职。
崇祯元年擢右佥都御史，巡抚福建。崇祯十年四月，任兵部尚书兼右副都御史。
崇祯十一年五月，文灿仍行前策招抚张献忠、刘国能投降，而张献忠名义上是归顺明朝，实际是向熊文灿催索饷银，屯兵数万于谷城，伺机而动。
崇祯十二年五月，张献忠再起，势如破竹，熊文灿因此次抚局失败而被捕入狱，次年被斩。
崇祯帝听杨嗣昌提议熊文灿接任，对于熊文灿，他只有一个模糊的印象，于是就先派人去调查。
熊文灿不知道啊，热情地接待了朝廷的派来的这位宦官，金银财宝赠送，胡吃海喝十日。
宦官以前深居宫中，在抠门皇帝崇祯的约束下过得紧巴巴的，哪见过这样的大场面，现在当然心里也很爽。
有一天在酒席之上，大家又喝高了，宦官谈起中原地区的农民起义，熊文灿听罢醉醺醺地拍案说道：“诸臣误国耳。若文灿往，讵令鼠辈至是哉！”
宦官一听，心想皇帝在宫中也是这样骂那些大臣王八蛋的。
看来熊文灿跟咱是一条心的同路人，随即也亮出身份：“我这次不是到广西去采购的，我是陛下派来对你进行考察的。你有当世之才，朝廷没有你没法消灭这群泥腿子。”
熊文灿一听就吓尿了：我哪里是去剿匪的料啊！我只是喝高了说着玩玩的，大人千万不要当真啊。
尽管熊文灿一再陈述自己‘五难四不可’，宦官告诉他：“我会把事情如实地向陛下汇报。如果陛下做出了决定，到时你也不要推辞了。”
熊文灿只得答应，送走了宦官的车马，一屁股瘫坐在地上......
宦官回到了宫中，向崇祯一五一十地汇报了熊文灿的情况。如此，崇祯当即就决定了熊文灿的任命。