后人在这一动荡的年间于约旦溪谷的洞窟中发现了死海古卷的存在。并得知了历史的真相，知晓了亚当与莉莉丝的故事，得知了使徒的存在，同时也知道了在不久的将来，人类将与十七使徒间将展开一场以回归本体，黑之月为由的战争。
赢者，灵魂将得到救赎，重新回归莉莉丝之卵，躲过世间的大灾难，直至生命之树重新生根发芽。败者，将成为大地母亲的养料。永远地成为历史。
因此在这个约定时刻到来之前，使徒一定会苏醒来与人类为敌，人类要顺利完成回归就必须在此之前消灭全部使徒。
为此目的，人类中的秘密组织Seele成立了，它的德文意思是灵魂，以基路议长为首，制订了人类补完计划的剧本。
公元2000年，人类在南极发现了亚当与莉莉丝沉睡的地方，白之月，并对其生命体征展开了研究。希望通过分离亚当与莉莉丝，从而获得生命之实的基因，以助于人类的补完。
可惜，人类并不知道亚当与莉莉丝的分离会产生巨大的能量暴走，于是，在亚当与莉莉丝分离的瞬间，巨大的爆炸将整个南极都炸的支离破碎，地球也因此失去了自转公轴。季候产生了变异。而这一次的爆炸被称为，第二次冲击。
冲击的产生印证了死海古卷上记载的事实。人类也因此将开始对之后的十七使徒入侵积极的备战起来。所幸的是，在第二次冲击之后，虽然亚当在爆炸中支离破碎，可人们却幸运的捕获了莉莉丝。
于是，人类与莉莉丝之间签订了契约，人类抽出莉莉丝的灵魂，封印了她的**。而被抽出的莉莉丝的灵魂将分为两部分，一小部分将注入到人类克隆出的驱壳之中，作为李林的一份子而活下去。而其余的大部分，将注入人类利用莉莉丝基因制造的人造终极泛用人型决战兵器，EVANGELION中，以用来与使徒的对战。为了生存下去。莉莉丝不得已签订了这不平等的条约。
2015年，第三使徒苏醒，并根据契约向着黑之月的方位移动而去。
而在黑之月之上，人类早已部署了名为第三新东京市的巨大战斗要塞，等待着使徒的来临。同时，最终兵器EVA初号机也完成了作战部署，同年，EVA初号机的驾驶员碇真嗣，来到了这个巨大机器人的面前，开始了他的战斗生涯，并以惊艳的姿态，打破了死海古卷的预言，摧毁了基尔为补完计划建立的剧本，为世人开辟了生命的第三条道路。
为世人打造了一个永远无法补完的希望之地，直至今时今日。
这便是历史的真相。
距离使徒入侵，一晃已经二十年过去了，曾经被使徒摧毁殆尽第三新东京市如今也恢复了曾经的活力，因为地域没有再一次转变，所以并没有变更名字的必要。
可惜的是地球的轴变并没有恢复，以至于第三新东京市依旧是永世的夏天。