二十年前，名为使徒的准完全生物因死海古卷的记载而入侵了第三新东京市，与人类展开了一场声势浩大的战争，而人类则是根据使徒的基因，制造了能够与之敌对的终极人型决战兵器，EVA。并在驾驶员碇真嗣，绫波丽，惣流明日香，真希波玛丽，渚薰的活跃下，赢得了最终的胜利。
其中的曲折故事，成为了人类历史中最高的机密。而唯一知道事实真相的，便是在二十年前奋战在第一线的NERV的各位战斗员，以及驾驶员们了。
哦，当然，现在知情的也包括了这位坐在课堂中脸颊气鼓鼓的元气少女，碇忆冰。这位由初号机驾驶员碇真嗣与二号机驾驶员明日香所生的小千金。
知晓历史的真相，小忆冰对老师的讲解自然会感到不满，年仅十五岁的她已经是当年碇真嗣他们成为驾驶员的年龄。只不过，小忆冰不再会有机会驾驶EVA。毕竟现在NERV已经不再是那个与使徒对抗的组织，而是已重建地球为己任的世界组织。而使徒，也早已灭绝，当然，除了现在仅存的三位。
说道这三位使徒，就不得不在提起之二十年前的事情，那时，EVA初号机的驾驶员碇真嗣，本应该是一个普普通通的15岁少年，然而，一道来自异次元的神迹降临在了这个少年身上，那道神迹便是另一个世界的灵魂，一个成年的且对这个世界充满向往的成熟灵魂取代了这个原本的懦弱少年，也正因为如此，这个世界的预言之书死海古卷才产生了巨大预言失误。
凭借着来自异世的灵魂与一条充满神秘的项链，这个少年打破了死海古卷的剧本，写下了一个令自己满意的结局。
而也就是在当时与使徒的搏斗中，这位少年阴差阳错的取得了使徒的力量，最终成为了使徒的一份子。
不过好在他的心还是向往着人类与自由的生活，于是打倒了那些为恶的敌人，最终站在了人类的顶端，距离成神，也不过一步之遥，不过为了人类的生存，与自己渴望的生活，这位救世少年选择了和自己的两位妻子隐居山林，从此过着无忧无虑的生活。
而另一位使徒则是碇真嗣的妻子，也是EVA零号机的驾驶员，绫波丽。她是早期NERV与第二使徒莉莉丝签订契约而出现的产物，一个人形的不完整使徒。
出生就是十四岁的她对这个世界的认知完完全全就是一张白纸，在NERV中，她也仅仅是一个令人无限差遣的玩偶而已，直到碇真嗣的出现，在日日夜夜的接触与了解后，这位少女开始产生了名为情感的东西，最终，她在碇真嗣的帮助下，彻底掌控了使徒的力量，并与真嗣一起并肩作战，打倒了最后的敌人。
至于第三位就很简单了，那便是真嗣与丽的孩子，今年六岁，正在读小学一年级的碇念薰。
两个使徒的结合，生下的必然也是使徒了，不过这个孩子与其它孩子并没有什么不同，在他出生不久，他就被自己的父亲封印了一部分的使徒之力，这也是为了能够让这个孩子健康成长，真嗣在与妻子商量后，才做出的决定。于是乎，以上世界仅有的三位使徒，就像普通人类一样，一直过着简单却充满幸福的日子。