至此，光海君王位的威胁者基本被清除。
进入万历四十六年（1618）后，朝鲜政治生活的主要内容由“废母”问题转移到外交问题。
当时，出身建州女真的努尔哈赤初步统一女真各部，于万历四十四年（1616）称汗，建立后金政权。
万历四十六年（1618）四月，努尔哈赤以“七大恨”告天，袭击明朝抚顺，揭开明金战争的序幕。
在此前后，明金双方都在拉拢朝鲜，后金自万历四十五年（1617）冬到萨尔浒之战前至少四次致书朝鲜，开示反明之意，离间明鲜关系。
万历四十六年（1618）闰四月，朝鲜方面正准备将“胡书”报告明朝，明朝辽东巡抚李维藩、镇江游击将军丘坦、蓟辽总督汪可受要求朝鲜出兵助明的咨文、票文和檄文就接连送来了。
面对明朝的征兵要求，光海君与众臣意见对立，他认为：“我国三边防备自守不暇，举单弱不教之卒，入援天朝，有何所益？”并判断：“老酋桀骜，虽以中朝兵力，未能必其一举剿灭”，要求备边司搪塞明朝，并劝告明朝也慎重对待，自己始终不愿出兵。
而绝大多数大臣都主张出兵以报答明朝再造之恩，同时消灭努尔哈赤也对朝鲜安全大有裨益，包括光海君最重要的支持者礼曹判书李尔瞻和领议政郑仁弘。
只有黄中允（南人）、赵缵韩（南人）、朴鼎吉（大北）、李伟卿（大北）、朴自兴（小北）、任兖（大北）、尹晖（西人）七人不支持出兵，不久之后他们迫于众议改变立场。
光海君从明朝征兵的环节问题下手，认为李维藩等人只代表辽东当局，不代表皇帝，必须皇帝下旨才能出兵。
他便派使者去北京打探皇帝的旨意，顺便呼吁豁免派兵，最差的情况也是只在鸭绿江畔虚张声势而不越国境，于是以弘文馆校理李埁为赍咨官，将朝鲜的请求报告辽东当局；又以右副承旨朴鼎吉为圣节兼陈奏使，直接入京向明神宗请旨。
此时负责讨伐后金的明朝经略杨镐已经出关，他会见了李埁，让他向朝鲜国内送去自己的咨文，表示已接到皇帝“鼓舞朝鲜”的旨意，要求朝鲜必须出兵一万以助明。
朴鼎吉在途中被杨镐阻止，后来又一路圣节兼陈奏使尹晖来到北京，得到了皇帝要求朝鲜服从杨镐调遣的圣旨。
光海君回避出兵的最后希望也破灭了。
杨镐咨文被送到朝鲜后，光海君就已知道无回旋余地，遂调兵遣将，征发三手军（炮手、射手、杀手）10000人，加上其他人员共计15500余人，以晋宁君姜弘立为都元帅，北兵使金景瑞为副元帅，这对朝鲜而言已是相当精锐的阵容。
万历四十七年（1619）二月，朝鲜军队开拨渡江，隶属南路明军刘綎所部，参与围剿努尔哈赤的战争。
三月初，中路左翼的明军在萨尔浒之战中惨败，主将杜松阵亡。随即北路明军也被击败，主将马林单骑逃回开原。
经略杨镐急忙命李如柏、刘綎撤回，但刘綎已经深入后金境内，三月初四在阿布达里冈中伏败死，同日朝鲜军也在深河遭到后金袭击，金应河以下数千人力战阵亡，姜弘立则率5000残兵败将投降后金。后来有1400余人逃回朝鲜。
深河之战的结果应验了光海君的预料，坚定了他推行“中立外交”的想法。此后他在明金两国间施展纵横捭阖的外交技巧，多次拒绝或拖延明朝的再征兵请求，对于后金则尽量不刺激，与之进行国书往来。
自努尔哈赤兴起以后，朝鲜可谓国难当头，光海君与朝臣围绕外交问题发生分歧与争执，他经常不与备边司大臣讨论就直接通过承政院下达旨意，备边司曾抱怨道：“臣等当上国征兵之日，不能出一奇策，唯当奉行睿算之不暇，何敢有一毫搪塞之心哉？”