更重要的是，光海君奉行中立外交，在深河之战后包庇降将姜弘立、一味逃避明朝的再征兵要求，坚持向后金传达国书，引起包括大北派在内的几乎全体朝臣的反对，也导致光海君与其支持者李尔瞻一派关系的微妙变化。
本来李尔瞻等在光海君的纵容下，自七庶之狱以来以“讨逆担当者”自居排斥异己，将与金悌男有联系及反对“废母”之议的人士几乎全部逐出朝廷，使大北派独占政权。
李尔瞻专权自然对光海君的王权构成威胁，甚至在有些情况下到了“王不得自由”的程度；而李尔瞻反对光海君的中立外交，更使他和光海君渐行渐远。
光海君为此起用有外交才能却被罢官的西人李廷龟来执行他的外交政策，李尔瞻一派以他是金悌男同党、反对“废母”为由劝阻。
光海君斥责道：“金悌男给你们恩惠已经很久了，每次你们要陷害某人，都会搬出金悌男，这些话一点也不新奇，我也听腻了，你们还是别说这些了！”
并不点名地批评李尔瞻为“宗社之罪人”。
在此情况下，郑经世、郑晔、洪瑞凤、南以恭、李睟光、李贵等反对派官员被解除禁锢，重新登用。
而朝野中推翻李尔瞻的氛围也越来越浓厚，到天启元年（1621）庆尚道儒生进京，掀起倒李风潮，控诉李尔瞻专擅政权、舞弊科举及废母杀弟等罪行。
尽管光海君没有处置李尔瞻，但也表现出对他的厌恶。
大北派由此开始式微，西人等反对派获得释放并重新起用，为“仁祖反正”创造了条件。
深河之战的全军覆没对于尚未摆脱壬辰倭乱后遗症的朝鲜来说是相当大的打击，其影响波及朝鲜八道，其中以平安道尤甚，各郡县都有数百名战死或被俘于深河的壮丁，田野荒芜，徭役也更加繁重。
朝鲜农民因征兵、饥饿而纷纷破产，落草为寇，在汉城和两湖地区（全罗道、忠清道）尤为严重。
然而就在百姓疲敝之际，光海君并未致力于改善民生，而是大兴土木，营建宫阙，设分户曹和调度使，到各道搜刮民脂民膏。
这些官员很多都出身庶孽或贱民，他们往往“横行列邑，凌蔑守宰”“浚剥黎民，凌辱士族”，使光海君更加丧失人心。
光海君在位的最后一年是非常孤立而缺乏安全感的，不仅是北方后金问题带来的巨大压力，国内情况也不容他乐观。当时“西人切齿，南人含怨，小北非笑”，执政的大北派也与光海君渐生矛盾。
官员们故意抵触他的命令，光海君要他们办事到了近乎哀乞的地步，就连御医也不被信任了。
光海君自己诊断患上火病，可见他的身心已经是极度痛苦。从万历四十六年（1618）到天启三年（1623），光海君先后更换了十一次训练大将（相当于首都卫戍司令）。他还爱在宫中玩捉迷藏，没被捉住就高兴，被捉住就不高兴，众叛亲离的他已经预感到灭顶之灾即将来临。
天启三年（1623）春，光海君的侄子、定远君之子绫阳君李倧与西人为主的金瑬、李贵、申景禛、李曙、金自点、沈器远、崔鸣吉、李适等人合谋，纠集1000多人准备推翻光海君及大北派政权。政变前夜，有个叫李而攽的知情人告密，光海君正在与后宫游宴，竟忽略了此事；领议政朴承宗则认为训练大将李兴立是他的亲家，值得信赖，而乱军不过是乌合之众，也不在意。
三月十二日深夜，这场被称为“仁祖反正”的政变爆发，由于李兴立已成为政变的内应，所以他按兵不动，政变军顺利入宫，四处放火。
光海君听到动静后，对心腹宦官说：“如果是易姓革命的话就会先烧宗庙，如果只是废立的话那宗庙就无事，你去登高看看。”宦官误看成宗庙被烧，回来报告光海君，光海君长叹道：“李家宗庙到我这代就灭亡了啊！”于是仓皇从昌德宫后苑翻墙逃走。