杨涟、刘一燝等见到朱由校即叩首山呼万岁，并保护朱由校离开乾清宫，到文华殿接受群臣的礼拜，决定以本月六日举行登基大典。
为了朱由校的安全，诸大臣暂将他安排在太子宫居住，由太监王安负责保护。
李选侍挟持朱由校的目的落空，又提出凡大臣章奏，先交由她过目，然后再交朱由校，朝臣们强烈反对。
朝臣们要求李选侍移出乾清宫，迁居哕鸾宫，遭李选侍拒绝。
李选侍又要求先封自己为皇太后，然后令朱由校即位，亦遭大臣们的拒绝，矛盾日渐激化。
朱由校御乾清宫登基大典日期迫近。至初五日，李选侍尚未有移宫之意，并传闻还要继续延期移出乾清宫。
内阁诸大臣站在乾清宫门外，迫促李选侍移出。朱由校的东宫伴读太监王安在乾清宫内力驱，李选侍万般无奈，怀抱所生八公主，仓促离开乾清宫，移居仁寿宫内的哕鸾宫。
九月六日，朱由校御奉天门，即皇帝位，改年号为天启，史称天启帝。
至此，李选侍争当皇太后、把持朝政的企图终成画饼。
李选侍虽已“移宫”，但斗争并未结束。
“移宫”数日，哕鸾宫失火，经奋力抢救，才将李选侍母女救出。
反对移宫的官员散发谣言说选侍投缳，其女投井，并说“皇八妹入井谁怜，未亡人雉经莫诉”，指责朱由校违背孝悌之道。
朱由校在杨涟等人的支持下批驳了这些谣传，指出“朕令停选侍封号，以慰圣母在天之灵。厚养选侍及皇八妹，以遵皇考之意。尔诸臣可以仰体朕心矣”。
至此，“移宫”风波才算暂告结束。
本来在这出闹剧当中魏忠贤一开始是站在西李一方的，但后来他见东林党势大，皇帝登基势在必行，很机智的与客巴巴迅速改换门庭，又成了天启皇帝朱由校登基的功臣之一。
“陛下，那杨涟到处诬陷老奴，就是怕老奴的功劳太大，挡了他们的路啊，当初是老奴死保着陛下，他们那些宫外的大臣，哪里知道宫闱中的艰险？”魏忠贤大哭不止。
“够了，一遇到什么事情你就拿朕当初登基的事情说事，当初杨涟他们的功劳的确是极大的！杨涟到现在也只是个正三品官，朕还顺了你的意，把杨涟左光斗等人下了大狱，你还说什么？”朱由校不高兴道。
“陛下，杨涟左光斗虽然下了大狱，但是他们的同党不服气，还要继续整死老奴啊。”魏忠贤哭道。
朱由校不耐烦的皱了皱眉头：“你说，你到底有什么把柄让别人抓住了？否则你怎么会如此惧怕、”
魏忠贤闻言大惊，觉得自己做戏是不是有点做过头了？皇帝难得如此精明，看出了什么破绽吗？
“老奴没有什么把柄，都是他们子虚乌有诬陷老奴。”魏忠贤急忙辩解道。
“魏忠贤，那朕来问你，到现在朕也不知道杨涟弹劾你什么，他弹劾你的事情，是不是都是实情？”朱由校大声责问道。
朱由校原先对魏忠贤的态度不是这么急躁的，那是因为在韦宝到皇帝身边来之前，朱由校觉得朝政上的事情，只能与魏忠贤商量，若是自己想躲清闲，想抛开纷繁冗杂，且自己没有能力处置的政务，只能倚重于魏忠贤，但是现在情况不同了！
朱由校有了‘备胎’，有了替代魏忠贤的‘提拔’了。
虽然韦宝年纪尚轻，又是外臣，与魏忠贤不是一类人，不可能完全取代魏忠贤，但是皇帝经过韦宝解释许多朝政上的事情，兼之觉得韦宝这个人很聪明，很有能力，所以皇帝逐渐也对秉政恢复了一些信心。
这一切都导致，在短短一段时间内，朱由校就不再像过去那样倚重魏忠贤了。