在北意夺取了巨大胜利后，拿破仑的威信也越来越高，使他成为了法兰西共和国的人民英雄。而他的崛起却令巴黎督政府感觉受到了威胁，他被任命为法兰西共和国阿拉伯—印度方面军（东方军）的司令，被派往中东，以抑制英国在该地区势力的扩张并试图控制苏伊士运河与前往亚洲的海路。
在拿破仑的远征军中，除了2000门大炮之外，还带领了175名各行各业的学者，以及上百箱的书籍和研究设备。
在远征途中，拿破仑曾下达过一条著名的指令：“让驮行李的驴子和学者走在队伍的中间。”。
1798年拿破仑远征埃及并占领亚历山大，面对骁勇善战的马穆鲁克，拿破仑展现出了非凡的军事才能和卓越军事素养。
7月，在吉萨金字塔的阴影下，“士兵们！四十个世纪在金字塔上看着你们！”，通过金字塔战役震撼的战果一举扫清了通往开罗的障碍，并使其在马穆鲁克和奥斯曼人间获得恐怖名号。
虽然他指挥法军在陆地上夺取了全盘胜利，但法国舰队在8月的阿布基尔海战中被英海军将领霍拉肖·纳尔逊摧毁，陆上部队被困在埃及。
拿破仑进军叙利亚，多次击退土耳其军队，但遭遇了瘟疫、酷暑和补给等困难。最后受阻于久攻不克的阿克尔城。
5月17日返回埃及，在阿布基尔围歼土耳其军队。
拿破仑至死仍对没能攻克阿克尔城堡一事感到遗憾，他在圣赫勒拿岛的回忆录中说：“如果阿克尔城堡早日陷落，当改变世界面目”。
拿破仑远征之时，欧洲的反法联盟已逐步形成，而法兰西共和国国内的保王党势力也在逐步增强。
1799年8月，拿破仑决定立刻秘密赶回巴黎。
在危险的地中海回航中，拿破仑机智的避开了英国皇家海军的巡逻舰队，两个月后成功登陆。
1799年10月，回到了法国的拿破仑被当成“救星”来欢迎。11月9日，获得众人拥戴和支持的拿破仑发动了雾月政变，获得成功，结束了大革命以来各种恐怖局面轮番交替的形势，成为了法兰西第一共和国执政官。
拿破仑随后进行了多项军政、教育、司法、行政、立法、经济等方面的重大改革，其中最著名，并直到两个世纪后依然还有深远影响的是颁布了《拿破仑法典》，由拿破仑下令起草、制定的，许多条款都由拿破仑本人亲自参与讨论，并最终颁布。
法典对德国、西班牙、瑞士等西方资本主义国家的立法起到了重大的影响。
在政变结束之后的第三周，拿破仑向人民郑重发布公告，他自豪地宣称：“公民们，大革命已经回到了它当初藉以发端的初衷，大革命已经结束。”此外，拿破仑还制定了保留至今的国民教育制度，以及荣誉军团制度。
1800年6月，担任第一执政的拿破仑亲自领军，越过阿尔卑斯山，战胜意大利
获得了著名的马伦哥战役大捷。
马伦哥战役是拿破仑执政后指挥的第一个重要战役。
这次战役的胜利成为了典范，对于巩固法国脆弱的资产阶级政权，对于加强拿破仑的统治地位都有着重要的意义。
1802年3月27日，法国与英国在法国亚眠签订《亚眠条约》，英法暂时休战，第二次反法联盟即破产。
拿破仑修改共和八年宪法为拿破仑宪法，改为终身执政。5月，英法合约撕毁，英国对法宣战。