万历十六年夏，李贽为芝佛院的常住客户和职业作家。当书写到高兴处，索性剃发留须，故意摆出一副“异端”面目，俨然是个搞学术的老和尚，如此便是十年。
曾经有工部尚书刘东星亲自接李贽去山东写作，历史学家焦竑替李贽主持新书发布会，文坛巨子袁氏三兄弟跑到龙湖陪李贽一住三个月，当时意大利传教士利马窦和李贽进行了三次友好的宗教交流，全国各大城市轮流邀请李贽去做访问学者。
李贽一开坛讲学，不管哪座寺庙，还是深山老林，和尚、樵夫、农民、甚至连女子也勇敢地推开羞答答的闺门，几乎满城空巷，都跑来听李贽讲课。一下子，李贽成了横扫儒、释、道的学术圣贤。
李贽对神州大地传统思想造成了强烈的冲击，于是就被当地的保守势力视为异端、邪说，群起围攻，要把李贽驱逐出境。
众人独浊我独清，众人独醉我独醒。当清醒成为一种特立独行的举止时，那清醒也被诬蔑为一种错误。但李贽十分干脆的旗帜鲜明宣称自己的著作就是离经叛道之作，并坚定表示我可杀不可去，头可断面身不可辱，毫不畏缩。
万历二十五年，李贽应巡抚梅国桢之请往山西大同，著孙子参同，修订藏书。秋日到北京，住在西山极乐寺，撰成净土诀，次年春天到南京，将自己的零星著作汇成老人行，并再度研究易，撰写易因，最后编订其巨著藏书。
这一次所编订的藏书共六十八卷，系纪传体史论，论述战国至元亡时历史人物约八百人，对历史人物作出了不与传统见解苟合的评价，旨在反对儒学。如儒者因为秦始皇尊法家而大骂其为暴君，而李贽则是直接赞扬秦始皇是千古一帝，儒者大骂女帝武则天不安于室牝鸡司晨，而李贽则赞叹武则天是政由己出，明察善断的圣后。
秦朝，咸阳宫。
秦始皇嬴政神色略显愉悦，对着底下大臣便言道“这李贽倒是个大才，只可惜是出生在那明朝。”
武周朝的女帝武则天更是大为赞言李贽是个有眼光和有远见之人才，但就是可惜不曾生在她执政的王朝。
当然这并不是说儒者都是一些酒囊饭袋之蠢货，要知道儒者有圣贤和腐儒、君子和小人之分，这大骂李贽者便皆是一些腐儒小人罢了。
已经或者是正在准备对李贽破口大骂的众人“”
还不曾做出这等事情的人赶紧就悬崖勒马，至于那些已经大骂特骂的，要么硬着头皮自欺欺人装失忆说自己没有做过，要么就是腆着脸去登门拜访与李贽赔礼道歉。
当然最好就是能冰释前嫌，顺便再交个朋友，让西王母娘娘知晓他们是真心悔过的。
万历二十八年，李贽在山东济宁编成阳明先生道学抄、阳明先生年谱。万历三十年，礼部给事中张问达秉承首辅沈一贯的旨意上奏神宗，攻讦李贽。最终以敢倡乱道，惑世诬民的罪名在通州逮捕李贽，并焚毁他的著作。
李贽入狱后，他坦然说道名山大壑登临遍，独此垣中未入门。病间始知身在系，几回白日几黄昏。后来听说朝廷要押解他回福建原籍，他感慨地说我年七十有六，死以归为三月十五日，李贽留下一偈壮士不忘在沟壑，烈士不忘丧其元。以剃发为名，夺下理发师的剃刀割断自己的喉咙而死，享年七十六岁。
李贽死后，马经纶把他收葬于北京通州北门外马寺庄迎福寺侧，于是李贽思想和他的墓地一同流传后世，甚至被着重保护起来。
万历三十八年，李贽的学生汪可受，以及梅掌科、苏侍御捐银钱为其树碑。
不过后世兴起一次批林批孔运动中，李贽被当作尊法反儒的英雄，加以推崇，他的著作被划归法家，这又是一个另类的法家大才。
战国晚期。
儒家的荀况已经是从先前那些神龙所展示历朝历代之景象得知自己最为看重的两个弟子韩非和李斯，后来都成了响当当的法家代表大才。
这可是真是让包括荀子和韩非李斯这师徒三人在内的众人皆感大惊。