《山海经》既记载了古代科学家的创造发明，也有他们的科学实践活动。例如，关于农业生产，《海内经》载：“后稷是播百谷”，“叔均,是始作牛耕”。《大荒北经》载：“叔均乃为田祖。”关于手工业，《海内经》载：“义均是始为巧倕，是始作下民百巧。”关于天文、历法，《海内经》载：“噎鸣生岁十有二。”《大荒西经》载：“帝令重献上天，令黎邛下地。下地是生噎，处于西极，以行日月星辰之次。”诸如此类的记载不胜枚举。有一些自然现象的记载尤其珍贵，这在其他书中是看不到的。如《海外北经》载：“钟山之神，名曰烛阴，视为昼，暝为夜，吹为冬，呼为夏，不饮，不食，不息。息为风。身长千里。在无晵{上啟下月}之东。其为物，人面，蛇身，赤色，居钟山下。”现在，许多学者均认为，《山海经》记载的是北极地带半年为昼，半年为夜的极地现象，只不过是古人无法解释这种现象，于是就用神话来解释。这种记载无疑是宝贵的科学资料。此外，从《山海经》中，我们也可以看到古人对大地的探测活动。《海外东经》载：“帝命竖亥步，自东极至于西极，五亿十选九千八百步。竖亥右手把算，左手指青丘北。”《中山经》说：“天地之东西二万八千里，南北二万六千里。”这些记载，数字未必确实，但已反映出中国古人的探测活动。
2．《山海经》与地理
当代历史地理学家谭其骧指出：“《五藏山经》在《山海经》全书各部分中最为平实雅正，尽管免不了杂有一些传闻、神话，基本上是一部反映当时真实知识的地理书。”据谭先生研究，《山经》共写了447座山。这些山中，见于汉晋以来记载，约有140座，占总数的三分之一。其中对晋南、陕中、豫西地区记述得最详细正确。这是研究我国古代地理的宝贵资料。《山经》往往以山为纲，以首山起，依次记叙山名、水名、距离、风俗、物产、药物、祭祀、巫医等，这些又是研究其他学科的宝贵材料。在《海经》中，记载了一些诸如结胸民、羽民国、厌火国、贯胸国、不死民、反舌国、三首国、长臂国、三身国、一臂国、奇肱国、丈夫国、巫咸国、女子国、轩辕国、白民国、长股国、一目国、大人国、君子国、无肠国、夸父国、黑齿国、玄股国等奇异的国家和民族，虽然这些国家和民族并非真有，只存在于传说中，但有一定的地理学和民族学价值。
3．《山海经》与矿产
《山海经》在物质资源分布的篇幅中，对于矿产的记载尤其详细，提及矿物产地300余处，有用矿物达100余种。因此《山海经》在矿物学分类上有突出贡献。撰写《中国科学技术史》的英国人李约瑟说：“《山海经》是一个名副其实的宝库，我们可以从中学到许多古人的矿物知识。”
4．《山海经》与医学
《山海经》记载的医学史料、药物知识，对研究中医药学的萌芽和演化尤为重要。据统计，《山海经》载录的药物数目，动物药76种（其中兽类19种，鸟类27种，鱼龟类30种），植物药54种（其中木本24种，草本30种）矿物药及其他7种，共计137种。与《诗经》不同的是，《山海经》所收载的药物有明确的医疗效能记述。如《西山经》所载的杜衡，“食之已瘿。”《中山经》所载的荣草，“食之已风”。《山海经》还记载了许多具有预防保健作用的药物，如《中山经》记载的青耕鸟，“可以御疫。”《南山经》记载的水族鯥，“食之无肿疾”。《山海经》还记载说有的药物具有滋补强壮作用，如《南山经》所载的祝余“食之不饥”。《西山经》所载的櫰木，“食之多力”。此外，《山海经》中还说有些药物具有美容玉肌作用。如《中山经》所载的荀草，“服之美人色”。《中山经》所载的天婴“可以已痤”。
《山海经》记载了包括内科、外科、眼科及预防医学的50余种疾病的症状，有的被后世中医典籍所采纳。如疠、痈、瘅、瘕、痔、癣、瘘、蛊、疟、瘿等，已成为中医学的专用术语。针灸学是中华民族对世界医学独特的创造与贡献。针灸的起源很早，是我国先民从砭石疗法的基础上发展而来的。《山海经·东山经》说：“又南四百里，曰高氏之山，其上多玉，其下多箴石。”所谓箴石，不仅是原始的外科医疗工具，也是我国针灸术的萌芽。从石砭、骨针、竹针到青铜及铁针，针灸工具的进化只是标志着生产力发展的水平。《大荒北经》还记载了气功疗法。说：“继无民，任姓。无骨子，食气，鱼。”文中所说的食气，指的就是气功导引。